鹽鹼地對水稻的危害主要是由於土壤鹽鹼濃度或灌溉水中含鹽鹼量的上升而引起。鹽鹼地對水稻的危害是多方面的，一方面可直接對水稻發生危害，另一方面則是破壞土壤結構間接的對水稻發生危害。

鹽鹼地對水稻的直接危害，主要由於鹽土中含有氯化鈉（食鹽）、硝酸鈉（芒硝）、氯化鎂（氯苦）和硫酸鎂（瀉鹽）等鹽類，隨著土壤鹽分濃度的升高，影響稻根對水分和養料的吸收，引起稻體內生理活動不能正常進行，生育不良。當土壤溶液濃度滲透壓逐漸大於細胞液的滲透壓時，還會造成細胞水分外滲，導致質壁分離、原生質破壞，引起稻苗死亡。同時，隨著土壤溶液鹽分濃度的增高，根系吸水量的減少，稻株莖葉中的水分和葉綠素含量也相應減少，而吸收積累的離子（如氯離子）量則逐漸增多，這對水稻就有直接的毒害作用，不僅會損傷原生質，還會抑制稻根對某些礦物質營養的吸收，影響稻體內氮和糖代謝的正常進行。

鹽鹼地對水稻的間接危害，主要表現在對土壤結構的破壞上，如濱海的鹽土和內陸的鹼化鹽土，均容易由於鈉離子的水化作用，鈉離子大量侵入土壤膠體複合體，造成土壤通氣和透水性極差，物理性變壞，溼時泥濘和干時堅硬板結，不僅耕作困難，水稻根系發育不良，且容易引起土壤還原性增強，達到一定程度以後，土壤中的硫酸鹽類就會在微生物的作用下，還原生成硫化氫等有毒物質，危害水稻，造成黑根。