多菌靈在農業生產和食用菌栽培過程中被廣泛應用，因多菌靈為內吸性廣譜殺菌劑，對熱穩定，對許多高等微生物(食用菌)真菌病害均兼有較好保護和治療作用； 對人、畜、魚、蜜蜂低毒； 對鹼不穩定，在土壤中易分解失效； 對酸可以增加多菌靈的水溶性，提高藥劑的滲透和傳導能力； 對卵菌和細菌引起的病害無效。多菌靈的內吸性就是指該藥劑能被作物吸收到體內，干擾真菌細胞的有絲紡錘體的形成，從而影響細胞分裂，導致病菌死亡; 能對高等微生物(食用菌)真菌病害病原菌發生作用，這種藥劑也稱化學治療劑。一般用於發病的植物和微生物栽培生產的防控，但大多數內吸劑也兼有觸殺的作用，多菌靈就屬此類藥劑。

在市場上銷售的多菌靈，多為80%的可溼性粉劑、50%的可溼性粉劑和40%的膠懸劑。在使用時不論哪一種劑型都應選用優質產品，還要注意產品的有效期，生產日期為一年以內的最好，超過這個期限的應酌情增加用量，完全失效的杜絕使用。多菌靈對食用菌栽培過程中對毛黴、根黴的防治效果較差，在使用多菌靈時，應適當提高培養料的pH值，以抑制毛黴、根黴的生長。由於多菌靈耐高溼，使用時最好將培養料進行發酵、高溫滅菌處理，以增加殺滅黴菌效果。另外銀耳、木耳、猴頭菇等對多菌靈特別敏感，要避免使用。

用多菌靈拌料，應嚴格控制藥液的濃度，一般用含量為50%的粉劑，以料乾重的 0.1%即可殺死和抑制雜菌生長；若加大用量，不但成本增加，同時還會影響菌絲生長，相反導致雜菌汙染。拌料時，要先把藥劑溶入足量水中攪拌均勻，在PH值為酸性水溶液中多菌靈的水溶解性增加; 拌入料後還要拌勻，以免發生點片汙染。多菌靈在鹼性環境中容易分解失效，因此拌料時不能同時使用石灰，更不能把多菌靈、石灰混合液久置。

另外，多菌靈易使雜菌產生抗藥性，所以應避免長期使用，可交替使用其他殺菌劑。