不同的合作醫療專案有不同的報銷方式，具體如下：

　　1、門診報銷：

　　開通農村醫療保險卡後，直接在指定醫療單位收費處刷卡，報銷比例，所報銷的費用直接在收費單上顯示。

　　2、住院報銷：

　　直接出具農村醫保卡，交上押金並辦理入院手續，在參保人員出院時，報銷費用直接產生後扣除，結帳出院。

　　3、大病補助：

　　在住院時產生的高費用，可以申請大病補助，提出申請，到民辦處拿表填寫資料，開出證明後，帶身份證，戶口本，農村醫保卡等影印件到民辦處，稽核後直接打入參保人醫保卡。

　　4、意外傷害：

　　意外流產住院，在有準生證的出院後，可以在農村醫療保險指定的醫療單位用醫療保險卡直接刷卡，還沒有辦理的需及時補辦準生證，去鎮上醫療合作社提交醫院單位的病歷證明，收據，並提交醫療保險卡影印件，工作人員稽核後15個工作日會打入參保人員的醫保卡里。

　　5、異地醫療：

　　異地工作人員也能享受直接刷卡，如果異地就診需本地醫療單位開具轉診證明，異地出院後須提交轉診證明，病歷證明，出院收費單，身份證，戶口本，農村醫療保險卡等有效證明到本地醫療合作社辦理。

　　6、特殊情況：

　　參保人不在農村醫療保險指定的醫療單位，或有第三方出資，兒童疫苗，美容，牙齒矯正，人流，醉酒，打架鬥毆等都不在農村醫療保險範圍之內。