研發費用加計扣除無疑是企業可以享受的重要稅收優惠政策，也是稅務代理人員的稽核難點。對於研發費用匯算清繳的稽核要點與相關風險，研發企業及稅務代理人員都須加以重視。
研發費用加計扣除“有章法”
研發費用之所以難稽核，主要有三個原因：一是研發費用對應的專案都是專業領域，稅務代理人員對相關行業、業務流程不熟悉；二是研發費用的企業所得稅扣除標準和加計扣除的規定不一致；三是企業對稅收政策瞭解不透徹，研發費用的歸集不規範。
根據《企業所得稅法》第三十條規定，企業開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，可以在計算應納稅所得額時加計扣除。
同時，《企業所得稅法實施條例》第九十五條規定，研究開發費用的加計扣除是指企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，按照研究開發費用的50%加計扣除；形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷。《國家稅務總局關於印發〈企業研究開發費用稅前扣除管理辦法〔試行〕〉的通知》（國稅發[2008]116號）對研發費用可以加計扣除的專案進行了明細列示。
研發費用的稽核步驟
企業對於研發費用的稽核可以按以下步驟進行。
瞭解企業的業務流程在進行企業所得稅彙算稽核前，需要對企業的組織架構、生產特點、業務流程等事項進行考察，弄清企業是否有研發部門以及該企業的研發工藝、研發產品等內容。
收集整理資料研發費用的稽核需要企業提供如下資料：自主、委託、合作研究開發專案計劃書和研究開發費預算；自主、委託、合作研究開發專門機構或專案組的編制情況和專業人員名單；自主、委託、合作研究開發專案當年研究開發費用發生情況歸集表；企業總經理辦公會或董事會關於自主、委託、合作研究開發專案立項的決議檔案；委託、合作研究開發專案的合同或協議；研究開發專案的效用情況說明、研究成果報告等資料。
對每個歸集的專案進行詳細稽核加計扣除要嚴格執行國稅發[2008]116號檔案規定，具體如下：
（一）材料、燃料和動力費用。從事研發活動直接消耗的材料、燃料和動力費用可以稅前扣除並可以加計扣除。對於研發費用消耗的材料、燃料和動力費用的進項稅額是否可以抵扣，應根據企業實際情況，具體情況具體分析，企業進行的研發開發，常常涉及的專案不只一個，如一家高新技術企業所得稅彙算清繳，研發的專案有五項，有硬體開發，也有軟體開發，根據配比原則，研發出來的產品如果適用增值稅，其領用的材料進項稅額可以抵扣，研發出來的產品如果適用營業稅，其領用的材料進項稅額則不應該抵扣。
（二）工資、薪金、獎金、津貼、補貼。在職直接從事研發活動人員的工資、薪金、獎金、津貼、補貼，可以稅前扣除並可以加計扣除。在稽核加計扣除時，要將工資發放的名單與企業提供的研發部門人員的名單仔細核對，對於沒有在研發部門人員名單內的人員工資，不可以進行加計扣除。
（三）儀器、裝置的折舊費或租賃費。企業發生的裝置折舊和租賃費，如果按稅法規定的折舊年限和用途計提，一般都可以稅前列支。但並不是所有的折舊和租賃費都可以加計扣除，只有專門用於研發活動的儀器、裝置的折舊費或租賃費。在實踐中，由於稅務代理人員對企業的研發過程、研發工藝、研發產品不熟悉，該裝置是否屬於研發專用難以判斷。
（四）其他費用的稽核。專門用於研發活動的軟體、專利權、非專利技術等無形資產的攤銷費用、專門用於中間試驗和產品試製的模具、工藝裝備開發及製造費，可以稅前扣除並加計扣除。另外，新產品設計費、新工藝規程制定費以及與研發活動直接相關的技術圖書資料費、資料翻譯費，勘探開發技術的現場試驗費，研發成果的論證、評審、驗收費用，同樣可以所得稅稅前扣除並加計扣除。
（五）委託給外單位進行開發的研發費用。如果企業只取得委託外單位開發的研發費用的發票，那麼只能稅前扣除而不能加計扣除。根據國稅發[2008]116號檔案規定，對委託開發的專案，受託方應向委託方提供該研發專案的費用支出明細情況，否則，該委託開發專案的費用支出不得實行加計扣除。
（六）對企業共同合作開發的專案，應根據合同規定，由合作各方就自身承擔的研發費用分別按照規定計算加計扣除。
研發費用加計扣除風險提示
首先，資料要準備充分。根據中國稅收法規規定，研發企業享受加計扣除需要報送眾多資料，企業在日常工作中，要注意收集齊資料，以備稅務機關檢查以及申報時使用。如果申報資料不齊全，不得享受研究開發費用的加計扣除。
其次，企業應對研究開發費用實行專賬管理，準確歸集填寫年度可加計扣除的各項研究開發費用實際發生金額。建議企業按各個研發專案設定明細，按各個研發專案歸集費用，這樣有利於企業核算各個研發專案的成本費用，也方便稽核。因為每個專案的研發進度不同，哪個專案已完成，哪個專案正在進行，哪個專案已在出產品，哪個專案還處於試生產階段，都只有在分開核算時才會清楚。企業研究開發費各專案的實際發生額歸集不準確、彙總額計算不準確的，主管稅務機關有權調整其稅前扣除額或加計扣除額。
此外，如果企業集團需要集團成員分攤研究開發費的，企業集團應提供集中研究開發專案的協議或合同，該協議或合同應明確規定參與各方在該研究開發專案中的權利和義務、費用分攤方法等內容。如不提供協議或合同，研究開發費不得加計扣除。
研發費用加計扣除無疑是企業可以享受的重要稅收優惠政策，也是稅務代理人員的稽核難點。對於研發費用匯算清繳的稽核要點與相關風險，研發企業及稅務代理人員都須加以重視。
研發費用加計扣除“有章法”
研發費用之所以難稽核，主要有三個原因：一是研發費用對應的專案都是專業領域，稅務代理人員對相關行業、業務流程不熟悉；二是研發費用的企業所得稅扣除標準和加計扣除的規定不一致；三是企業對稅收政策瞭解不透徹，研發費用的歸集不規範。
根據《企業所得稅法》第三十條規定，企業開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，可以在計算應納稅所得額時加計扣除。
同時，《企業所得稅法實施條例》第九十五條規定，研究開發費用的加計扣除是指企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，按照研究開發費用的50%加計扣除；形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷。《國家稅務總局關於印發〈企業研究開發費用稅前扣除管理辦法〔試行〕〉的通知》（國稅發[2008]116號）對研發費用可以加計扣除的專案進行了明細列示。
研發費用的稽核步驟
企業對於研發費用的稽核可以按以下步驟進行。
瞭解企業的業務流程在進行企業所得稅彙算稽核前，需要對企業的組織架構、生產特點、業務流程等事項進行考察，弄清企業是否有研發部門以及該企業的研發工藝、研發產品等內容。
收集整理資料研發費用的稽核需要企業提供如下資料：自主、委託、合作研究開發專案計劃書和研究開發費預算；自主、委託、合作研究開發專門機構或專案組的編制情況和專業人員名單；自主、委託、合作研究開發專案當年研究開發費用發生情況歸集表；企業總經理辦公會或董事會關於自主、委託、合作研究開發專案立項的決議檔案；委託、合作研究開發專案的合同或協議；研究開發專案的效用情況說明、研究成果報告等資料。
對每個歸集的專案進行詳細稽核加計扣除要嚴格執行國稅發[2008]116號檔案規定，具體如下：
（一）材料、燃料和動力費用。從事研發活動直接消耗的材料、燃料和動力費用可以稅前扣除並可以加計扣除。對於研發費用消耗的材料、燃料和動力費用的進項稅額是否可以抵扣，應根據企業實際情況，具體情況具體分析，企業進行的研發開發，常常涉及的專案不只一個，如一家高新技術企業所得稅彙算清繳，研發的專案有五項，有硬體開發，也有軟體開發，根據配比原則，研發出來的產品如果適用增值稅，其領用的材料進項稅額可以抵扣，研發出來的產品如果適用營業稅，其領用的材料進項稅額則不應該抵扣。
（二）工資、薪金、獎金、津貼、補貼。在職直接從事研發活動人員的工資、薪金、獎金、津貼、補貼，可以稅前扣除並可以加計扣除。在稽核加計扣除時，要將工資發放的名單與企業提供的研發部門人員的名單仔細核對，對於沒有在研發部門人員名單內的人員工資，不可以進行加計扣除。
（三）儀器、裝置的折舊費或租賃費。企業發生的裝置折舊和租賃費，如果按稅法規定的折舊年限和用途計提，一般都可以稅前列支。但並不是所有的折舊和租賃費都可以加計扣除，只有專門用於研發活動的儀器、裝置的折舊費或租賃費。在實踐中，由於稅務代理人員對企業的研發過程、研發工藝、研發產品不熟悉，該裝置是否屬於研發專用難以判斷。
（四）其他費用的稽核。專門用於研發活動的軟體、專利權、非專利技術等無形資產的攤銷費用、專門用於中間試驗和產品試製的模具、工藝裝備開發及製造費，可以稅前扣除並加計扣除。另外，新產品設計費、新工藝規程制定費以及與研發活動直接相關的技術圖書資料費、資料翻譯費，勘探開發技術的現場試驗費，研發成果的論證、評審、驗收費用，同樣可以所得稅稅前扣除並加計扣除。
（五）委託給外單位進行開發的研發費用。如果企業只取得委託外單位開發的研發費用的發票，那麼只能稅前扣除而不能加計扣除。根據國稅發[2008]116號檔案規定，對委託開發的專案，受託方應向委託方提供該研發專案的費用支出明細情況，否則，該委託開發專案的費用支出不得實行加計扣除。
（六）對企業共同合作開發的專案，應根據合同規定，由合作各方就自身承擔的研發費用分別按照規定計算加計扣除。
研發費用加計扣除風險提示
首先，資料要準備充分。根據中國稅收法規規定，研發企業享受加計扣除需要報送眾多資料，企業在日常工作中，要注意收集齊資料，以備稅務機關檢查以及申報時使用。如果申報資料不齊全，不得享受研究開發費用的加計扣除。
其次，企業應對研究開發費用實行專賬管理，準確歸集填寫年度可加計扣除的各項研究開發費用實際發生金額。建議企業按各個研發專案設定明細，按各個研發專案歸集費用，這樣有利於企業核算各個研發專案的成本費用，也方便稽核。因為每個專案的研發進度不同，哪個專案已完成，哪個專案正在進行，哪個專案已在出產品，哪個專案還處於試生產階段，都只有在分開核算時才會清楚。企業研究開發費各專案的實際發生額歸集不準確、彙總額計算不準確的，主管稅務機關有權調整其稅前扣除額或加計扣除額。
此外，如果企業集團需要集團成員分攤研究開發費的，企業集團應提供集中研究開發專案的協議或合同，該協議或合同應明確規定參與各方在該研究開發專案中的權利和義務、費用分攤方法等內容。如不提供協議或合同，研究開發費不得加計扣除。