1．行間直聯模式。採用這種模式，付款人銀行、收款人銀行、清算中心都需要有處理電子支票的裝置。具體的運作流程為：①付款人用IC卡插入指定裝置，生成一張電子支票，透過Internet傳給收款人； ②收款人在電子支票上加蓋電子簽名並用私有金鑰加密，傳送給收款人銀行； ③收款人銀行對電子支票進行解密、認證處理； ④收款人銀行把處理過的支票發往清算中心與付款人銀行進行行間清算； ⑤付款人銀行通知付款人支票的處理情況； ⑥收款人銀行通知收款人支票的處理情況2．跨行聯接模式。採用這種模式，只需支付閘道器配備電子支票處理裝置即可，各銀行的硬體裝置無需改動，只要求對軟體進行少許修改。 　　具體的運作流程為： ①付款人用IC卡插入指定裝置，生成一張電子支票，透過Internet傳給收款人； ②收款人在電子支票上加蓋電子簽名並用私有金鑰加密，傳送給支付閘道器； ③支付閘道器對電子支票進行解密處理，送給認證中心認證； ④支付閘道器將認證後的電子支票進行格式轉換，轉為銀行原有的支票格式，並送往收款人銀行；⑤收款人銀行處理後發往清算中心，與收款人銀行進行行間清算； ⑥支付閘道器將處理結果通知收款人與付款人。 從以上步驟可以看出，支付閘道器起著支付資訊的處理與轉發的作用，由於把支付資訊集中起來處理，處理的效率將得到很大的提高。3．兩種運作模式的比較　　行間直聯模式利用了現成的銀行網路資源，但各個銀行都需要新增電子支票的處理裝置。隨著網路經濟的高速發展，參與行間直聯的銀行數目和參與交易的物件的不斷增加，當裝置升級時，所有銀行都需要對硬體、軟體進行更改，從而造成社會資源的浪費。跨行聯接模式則解決了上述問題，由於所有的電子支票交易都透過統一的支付閘道器進行，當需要對硬體、軟體進行升級時，也只是對統一支付閘道器做相應的更改。