世傳呂祖的各種著作和詩歌很多，據《國學寶典總目·現存唐人著述書目》所載，有《易說》二捲圖解一卷、《五經合編》、《呂帝文集》一卷、《呂帝詩集》一卷、《純陽真人渾成集》二卷、《太上玄元道德經解》一卷、《呂祖沁園春》、《先天鬥帝敕演無上玄功靈妙真經疏解》一卷、《九皇新經註解》三卷、《十六品經》三卷、《同參經》三卷、《呂帝心經》一卷、《先天一無度人妙經》一卷、《延生澄聖真經》一卷、《餘玉寶經》一卷、《醒心真經》一卷、《秘傳正陽真人靈寶畢法》三卷、《靈寶畢法》三卷、《新鐫道經五篇注》五卷、《金華宗旨》一卷、《金華宗旨闡幽問答》一卷、《三寶心燈》一卷、《微言摘要》一卷、《黃鶴賦》一卷、《百名章》一卷、《真經歌》一卷、《鼎器歌》一卷、《採金歌》一卷、《呂祖藥石制》。

這些著作和詩歌，大部分由後人收集整理，編入《呂祖全書》。較早的一部《呂祖全書》，原為明陸西星初編，清李西月重編。分上下兩部，上部為《呂祖年譜》，凡七卷，分年記述呂祖事蹟，自唐迄清，凡有關呂洞賓的傳聞、逸事一概蒐羅。下部為《純陽先生詩集》，一名《呂祖編年詩集》，凡九卷，收集詩詞千餘首

呂洞賓留下的著作頗多，不少是後人偽託的。如《呂祖先天一氣太乙金華宗旨》, 就是明清扶乩託名呂祖的乩壇所作。

唯有《宋史·藝文志》收錄的《九真玉書》一卷，或許可以看作呂洞賓的作品。