人工溼地一般都由以下五種結構單元構成：底部的防滲層；由填料、土壤和植物根系組成的基質層；溼地植物的落葉及微生物屍體等組成的腐殖質層；水體層和溼地植物（主要是根生挺水植物）。

水生植物溼地中使用最多的為挺水植物，即植物的根、根莖生長在水的底泥之中，莖、葉挺出水面。 常分佈於0-1。5m的淺水處，其中有的種類生長於岸邊。這類植物在空氣中的部分，具有陸生植物的特徵；生長在水中的部分（根或地下莖），具有水生植物的特徵。在人工溼地中常採用的挺水植物有：蘆葦、蒲草、荸薺、蓮、水芹、水蔥、茭白、香蒲、千屈菜、菖蒲、水麥冬、風車草、燈芯草等。

梢物基質層基質層是人工溼地的核心。基質顆粒的粒徑、礦質成分等直接影響著汙水處理的效果。 目前人工溼地系統可用的基質主要有土壤、碎石、礫石、煤塊、細沙、粗砂、煤渣、多孔介質、矽灰石和工業廢棄物中的一種或幾種組合的混合物。基質一方面為植物和微生物生長提供介質，另一方面透過沉積、過濾和吸附等作用直接去除汙染物。 不同型別的基質以及基質粒徑對汙染物的去除效果有很大的影響。

防滲層防滲層是為了防止未經處理的汙水透過滲透作用汙染地下含水層而鋪設的一層透水性差的物質。如果現場的土壤和黏土能夠提供充足的防滲能力，如滲透率<l(℃7Cm/S，那麼壓實這些土壤作溼地的襯裡已經足夠。 一般說來，防滲採用天然的形式是不夠的，普遍採用的形式為人工防滲和天然防滲相結合的形式。人工防滲材料多為化學合成材料，如人工合成土工膜等。

腐殖質層腐殖質層中主要物質就是溼地植物的落葉、枯枝、微生物及其他小動物的屍體。 成熟的人工溼地可以形成緻密的腐殖質層。

水體層水體在表面流動的過程就是汙染物進行生物降解的過程，水體層的存在提供了魚、蝦、蟹等水生動物和水禽等的棲息場所。

人工溼地生態系統是在人工建造的類似於沼澤的溼地內，放置一定高度的填料，在其上種植特定的水生植物(如水菖蒲、富貴竹、蘆葦等)，在這些水生植物發達根系的周圍生長著豐富的、多樣的微生物群體。包括基質、水生植物和微生物3者與汙(廢)水構成一個類似於天然沼澤地的特殊的生態系統。