1.兩者的主體和客體不同

股權收購的主體是收購公司和目標公司的股東，客體是目標公司的股權。而資產收購的主體是收購公司和目標公司，客體是目標公司的資產。

2.兩者的負債風險不同

股權收購方式下，收購公司成為目標公司股東，收購公司僅在出資範圍內承擔責任，目標公司的原有債務仍然由目標公司承擔。由於目標公司的原有債務對今後股東的收益有著巨大的影響，因此在股權收購之前，收購公司必須調查清楚目標公司的債務狀況，一般併購公司聘請專業的中介機構如設計師和律師對目標公司進行盡職調查，並在股權轉讓協議中對目標公司潛在債務風險予以規避。

而在資產收購中，資產收購後，目標公司的原有債務仍由其承擔，基本不存在或有負債的問題。但收購資產有可能被設定他物權等權利限制，因此，資產收購對收購公司而言，存在一定的他物權等實現風險。

3.兩者在稅收方面存在差異。

在股權收購中，納稅義務人是收購公司和目標公司股東，而與目標公司無關。除了印花稅外，目標公司股東可能因股權轉讓而繳納企業或個人所得稅。

資產收購中，納稅義務人是收購公司和目標公司本身。根據目標資產的不同，納稅義務人需要繳納不同的稅種，主要有增值稅、營業稅、所得稅、契稅和印花稅等。

4.收購客體及變更手續不同。

股權收購的客體是目標公司的股權，而資產收購的客體是目標公司的資產。股權收購因股東變動須辦理工商變更手續，資產收購不需要辦理工商變更手續，但收購資產中有不動產的，須到房地產等部門辦理不動產過戶手續。

5.受第三方影響不同。

股權收購中，影響最大的是目標公司的其他股東。股權收購須有目標公司過半數的股東同意並且其他股東有優先受讓權。對外商投資企業，須取得其他合營方的同意。因此股權收購可能會受制於目標公司其他股東。

資產收購中，影響最大的是對該資產享有某種權利的人，如擔保人、抵押權人、商標權人、專利權人、租賃權人。對於這些財產的轉讓，必須得到相關權利人的同意，或者必須履行對相關權利人的義務。