1、概念不同；

2、劃分標準不同。

具體分析如下：

行政機關：是指依法行使國家權力、執行國家行政職能的機關。從廣義上講，行政機關是一級政府機關的總稱，即國家政權組織中執行國家法律，從事國家政務、機關內部事務和社會公共事務管理的政府機關及其工作部門。從狹義上講，行政機關僅指政府機關內部的綜合辦事機構，即辦公廳(室)，它是在行政首長直接領導下處理各種事務、輔助進行全面管理工作的機構。

行政機構：亦稱政府機構，是行政管理活動的重要主體，是行政權力、政府職能的物質載體。

行政機構是指行政機關內部的或者派出的、一般對外不能以自己名義釋出決定和命令的單位，其行為的對外法律後果歸屬於其所屬的行政機關。在中國，有兩類行政機構。一類是行政機關的內部機構，它們由於其所屬行政機關的級別不同而有不同的行政級別，在稱謂上表現為室、科、處、司等。另一類是行政機關的派出機構，如公安派出所、稅務所、工商所等。無論是內部機構還是派出機構,都與行政機關不同，通常不被視為行政主體。但是，在特定情況下，如果法律、法規給予其特別投權，使其在一定範圍內具備了獨立行使行政職權的資格，那麼，它們就成為行政主體。

擴充套件資料：

行政機關資格的取得，應具備下列條件：

1、其成立獲法定機關批准；

2、已由組織法確定了職責許可權；

3、有法定行政編制並按編制配備了人員；

4、有獨立的行政經費；

5、有辦公地點和必要的辦公條件；

6、透過公開的方式宣告成立。

行政機關要獲得行政執法權，還必須有法律、法規和規章的具體規定。