1755年，清朝政府平定達瓦齊集團後，釋放了大小和卓並委以重任，命大和卓波羅尼都回南疆統治舊部，小和卓霍集佔留在伊犁管理南疆來的移民。大和卓波羅尼都對此安排非常滿意，順利掌管了本由黑山派和卓控制的烏什、喀什、葉爾羌等地，在那裡恢復白山派的統治。小和卓霍集佔接受清朝政府的安排後，卻在伊犁參加了阿睦爾撒納叛亂，失敗後逃往南疆，策動哥哥大和卓波羅尼都一起叛亂。波羅尼都為人優柔寡斷，所以霍集佔的主張佔了上風。1757年霍集佔打出“巴爾圖汗”的旗號，殺戮清軍將領阿敏道和所屬100多名官兵大舉反叛。大小和卓恢復白山派統治的行動，引起了當地世俗封建主黑山派和卓的嫉恨，他們在清軍的平叛過程中佔到清軍方面，也就決定了大小和卓必然失敗的歷史命運。

1758年夏，清軍將軍雅爾哈善率一萬多人從吐魯番出發，經過庫車、阿克蘇、拜城、烏什等地，直逼大小和卓的據守之地。小和卓霍集佔退守葉爾羌（今莎車），與喀什的大和卓波羅尼都互成犄角之勢以抗清軍。同年10月，大將軍兆惠領兵3000直抵葉爾羌城下，由於孤軍深入，被小和卓的15000多人圍困3個多月，直到援軍到來才突圍而出。1759年，清軍兵分兩路，一路由兆惠率領，從烏什攻喀什；另一路由富德率領，由和田直取葉爾羌。大小和卓自知不敵，逃往巴達克山（今阿富汗境內）。清軍窮追不捨，在邊境一帶大獲全勝，大小和卓的親兵和被裹脅的群眾向清軍投降，兩人只帶百餘人逃到巴達克山，被當地首領素爾坦沙擒獲處死。至此，大小和卓叛亂被平定，南疆恢復了往日的寧靜。