甲藻的分佈很廣泛，無論是海水、淡水、半鹹水均有分佈。

夜光藻可使水體缺氧，堵塞動物的呼吸器官導致生物窒息。

裸甲藻能分泌神經毒素，直接釋放到海水中，使魚、蝦、貝類大量死亡。

對蝦養殖過程中如果出現甲藻，對蝦生長速度明顯下降，養殖成功率會降低。

水產養殖中，藻類可以分為有害藻類和有益藻類，有益藻類如：矽藻門、金藻門的藻類，有害藻類如：藍藻、甲藻、青苔、水網藻等。當然，這種方式過於絕對化，如藍藻和甲藻，只要還控制在一定數量內，不會暴發，可以說是沒有多大危害的，這也是藻相平衡的要求。甲藻的細胞壁較厚，而且細胞壁外有“甲板”，所以稱為甲藻。甲藻分佈廣泛，在海洋和淡水水體中都可以存活、繁殖，是典型的有害藻類。甲藻的危害：1、對蝦如果食用甲藻後，腸內道內會產生氣泡，影響消化吸收，引起腸道內疾病。2、甲藻可以釋放毒素，嚴重時能致蝦死亡。3、大量吸取營養物質，造成水體清瘦。4、消耗溶氧，造成蝦子缺氧。5、消耗二氧化碳，使水體酸鹼度身高，直接損傷魚類或引起其他藻類、病菌大量繁殖，引發疾病。另外，甲藻最大的危害在於引發赤潮，它是赤潮的“主力軍”。赤潮的發生嚴重影響漁業養殖生產，極大地破壞水域生態環境。

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