在三星堆遺址發掘地附近有三個黃土堆，傳說玉皇大帝在馬牧河畔灑下三把土，然後就變成三顆星，所以叫三星堆。

考古遺址命名應以遺址所在地的小地名為準，以能精確反映遺址所在位置為宜。否則就會出現不同遺址有相同名稱的情況。所謂小，是相對省、縣級行政區劃來說的，一般就是遺址所在的村莊名，或者當地人對某村莊內一處更小地方的稱呼。“李三孤堆”，“三星堆”就是這種情況，這些名稱不是遺址的自名（三星堆人怎麼稱呼當時他們自己的聚落，如今已不可考），也不是考古工作者的主觀臆造，而是本已存在的地名（即使是歷史沿襲下來的，通常也不會追溯到很久，特別是遺址所處的時代）。

三星堆遺址附近有馬牧河和鴨子河兩條河，兩河之間有一道土崗將其分開，馬牧河的北岸，有一塊彎彎的臺地高高的突出，這就是月亮灣，而在馬牧河的南岸，有三個高出地面的黃土堆，因為這三個黃土堆在平地上拔地而起，塊頭也很大，遠遠望去像是三顆金星，三星堆與月亮灣隔河相望的地方，有一片高大的柏樹林和白果樹，白果樹高大挺拔，樹齡久遠，當地人稱為“風水樹”。

三星堆，月亮灣，樹林三者構成了一道亮麗的風景線，三顆金星印稱這一彎明月，給人以無限的遐想。因此這裡作為一個獨特的人文景觀流傳下來，民間就有了“三星伴明月”的名聲。在清代嘉慶年間編的《漢州志》中將此地記載為“三星伴月”或“三星伴月堆”隨著名聲越來越大，這一區域成為了古代漢州八大人文景觀之一。所以這裡發現文化遺址後，叫做三星堆遺址也就順理成章了。

原三星堆後來被破壞掉，現僅剩下半個土堆。