專項附加扣除辦理申報可以由單位辦理申報或者個人自行申報。

具體來講：

（1） 由單位按月發工資預扣稅款時辦理。 除大病醫療以外， 對其他五項扣除， 您可以選擇在單位發放工資薪金時，按月享受專項附加扣除政策。

首次享受時， 需要填寫《個人所得稅專項附加扣除資訊表》 並報送給任職受僱單位， 單位在每個月發放工資時， 像“三險一金” 一樣， 為您辦理專項附加扣除。

（2） 自行在年度綜合所得彙算清繳申報時辦理。 一般來講， 有以下情形之一的， 您可以選擇在次年 3 月 1 日至 6月 30 日內， 自行向匯繳地主管稅務機關辦理彙算清繳申報時進行專項附加扣除；

稅款多退少補； 個人所得稅專項附加扣除資訊隨納稅申報表一併報送：

①不願意透過單位辦理扣除， 未將相關專項附加扣除資訊報送給任職受僱單位的；

②沒有工資、 薪金所得， 但有勞務報酬所得、 稿酬所得、特許權使用費所得的；

④納稅年度內未享受或未足額享受專項附加扣除等情形。

如果同時有兩個以上發工資的單位， 那麼對同一個專項附加扣除專案， 在一個納稅年度內， 您只能選擇從其中的一個單位辦理扣除。

法律依據：《國務院關於印發個人所得稅專項附加扣除暫行辦法的通知》第二十五條：納稅人首次享受專項附加扣除，應當將專項附加扣除相關資訊提交扣繳義務人或者稅務機關；

扣繳義務人應當及時將相關資訊報送稅務機關，納稅人對所提交資訊的真實性、準確性、完整性負責。專項附加扣除資訊發生變化的，納稅人應當及時向扣繳義務人或者稅務機關提供相關資訊。

前款所稱專項附加扣除相關資訊，包括納稅人本人、配偶、子女、被贍養人等個人身份資訊，以及國務院稅務主管部門規定的其他與專項附加扣除相關的資訊。

本辦法規定納稅人需要留存備查的相關資料應當留存五年。