明神宗後面是明光宗朱常洛。

萬曆皇后沒有子嗣，眾多嬪妃中對鄭氏尤為寵愛，萬曆十二年（1584）被晉封為貴妃，產下皇二子朱常漵，可惜夭折。皇帝對她寵愛不減，萬曆十四年（1586）正月初五生皇三子常洵。隨後鄭氏便晉封為皇貴妃，並藉機乞求神宗立皇三子朱常洵為太子，自己則做皇后。兩人寫下合同，在道教廟宇中立誓。 神宗的承諾，違背了祖制和封建禮制，勢必引起重大的政治危機。

萬曆專寵鄭皇貴妃，遲遲不立太子。朝中大臣紛紛猜疑，擔心鄭氏謀立皇三子，損害國本。他們爭相提及皇儲問題，奏摺累計成百上千，無不是指責後宮干政，言辭之間矛頭指向鄭皇貴妃。萬曆皇帝擱置不管，仍舊寵愛鄭氏。

為了平息皇儲爭議，萬曆二十九年（1601年）十月，終於皇帝立皇長子朱常洛為皇太子、三子朱常洵為福王、五子朱常浩為瑞王、六子朱常潤為惠王、七子朱常瀛為桂王，爭國本事件最終落下帷幕。這場萬曆年間最激烈複雜的政治事件，共逼退內閣首輔四人（申時行、王家屏、趙志皋、王錫爵），部級官員十餘人、涉及中央及地方官員人數達三百多位，其中一百多人被罷官、解職、發配充軍，整治另外“東林黨”。

萬曆三十一年（1603年），就因為有謠言說萬曆皇帝想要換太子，矛頭指向鄭皇貴妃，結果皇帝株連逮捕者甚眾。到了萬曆四十一年（1613年），又有進言，說鄭皇貴妃以及福王將要謀害皇太子，結果皇帝僅僅是讓福王就藩，但被鄭貴妃暗中阻止了。

恭妃王氏仍舊寂居幽宮，見不到萬曆帝，整日以淚洗面，流淚度日，漸漸的雙目失明瞭。萬曆三十九年（1611），王氏薨逝，大學士葉向高建議厚葬，可是皇帝居然不同意。再進言，皇帝才勉強同意追諡皇貴妃。

明神宗之後是明光宗朱常洛，明代第十四位皇帝，在位一個月。後面還有兩位皇帝，分別是明熹宗朱由校，明朝第十五位皇帝；明思宗朱由檢，年號崇禎，明朝亡國之君。