牛頓的理論幾乎都是建立在質點的運算基礎之上。為了數學運算上的方便，他把所有的物體或質量都用一個點來表示。

其次，牛頓的理論都是對自然現象做的規律性描述。都沒有涉及到機制問題。

他的具體方法是：第一步，發現一些自然現象，例如蘋果落地與月亮懸在空中不掉下來的現象等。第二步，找出這些現象之間的規律，例如它們的共同規律就是受到萬有引力的作用，從而發現了萬有引力。第三步，根據規律提出定律，例如萬有引力定律。並在需要的時候建立一個數學公式來描述這個定律，例如引力公式。第四步，把他的定律和公式放到實踐中檢驗。得到的結果與現實的觀察結果一致，他的理論就被確認成立了。表面看上去這個過程非常“科學”，沒什麼不妥。但是，其中存在一個很大的缺陷，就是牛頓的理論全部都是建立在對錶面現象的描述之上，而不是建立在自然現象背後的物理機制之上的。也就是說他沒有揭示導致現象產生的本質問題。例如他從來都不清楚萬有引力的產生原因是什麼。這導致了他的理論不可能完美。

不瞭解事物的本質和原因，在一定程度和範圍內不影響一個定律的使用性。例如中國古代發明了指南針，但當時並不知道指南針的原理和機制是什麼。可是，指南針總是指向南方這個定律對它的實際應用沒有帶來任何不良影響。牛頓雖然不能解釋萬有引力的產生和作用機制，但是，他的計算公式一直沒有失去實際上的使用價值。