模體(motif)表示具有特定功能的或作為一個獨立結構域一部分的相鄰的二級結構的聚合體，它一般被稱為功能模體（functionalmotif）或結構模體（structuralmotif），相當於超二級結構（super-secondarystructure）。模體和結構域一起組成了蛋白質的三級結構。 結構模體作為結構域的組分，介於蛋白質二級結構和三級結構之間，由相鄰的二級結構單元彼此相互作用，組合在一起，排列成規則的，在空間結構能夠辨認的二級結構組合體，並充當三級結構的構件，其基本形式有aa、bab和bbb等。多數情況下，只有非極性殘基側鏈參與這些相互作用，而親水側鏈多在分子的外表面。 常見模體： （1）左手超螺旋——3根右手a-螺旋擰到一起形成一個左手超螺旋； （2）右手超螺旋——3根左手螺旋擰到一起形成一個右手超螺旋，如膠原蛋白； （3）捲曲螺旋——相鄰的2根右手a-螺旋擰到一起形成一個左手超螺旋； （4）螺旋束——多個a-螺旋的聚合體； （5）b-摺疊-a-螺旋-b-摺疊，即bab； （6）b-髮夾環——兩個反平行b-股由一個環相連； （7）a-螺旋-b-轉角-a-螺旋，即aba； （8）a-螺旋-環-a-螺旋(EF手相）； （9）Rossmann捲曲——也稱Rossmann摺疊，它由兩個bab連在一起，形成babab結構，通常能結合輔酶I； （10）希臘鑰匙模體——是一種全b摺疊聚合體，存在於許多不同型別的蛋白質中，因在拓撲學上像古代花瓶上的希臘鑰匙而得名，清蛋白原就含有這種模體。 模體是刻畫蛋白質家族組成結構和執行功能的重要部分,但是對於透過各種生物資訊學方法識別出的模體,目前沒有很好的辦法辨別真假和優劣.文中提出一種新的模體評價策略,從分類器的觀點出發,對不同方法在同一個蛋白質家族上建立的不同模體進行比較,從而推斷出最具有生物意義的模體.本文在PROSITE資料庫中選取7個細胞因子家族,採用MEME和HMMER兩種模體識別方法分別識別每個家族的模體,將每個模體看作一個分類器,透過計算同一家族的每個模體的敏感性和特異性並比較它們對應的接收機操作特性曲線,進而比較不同模體,確定真的模體和排除假的模體,從而獲得每個蛋白質家族的最佳模體的模型.這種策略可以應用於對任意蛋白質家族模體識別結果的評價.此外,還可以利用最佳模體搜尋資料庫的結果預測每個家族的新成員.
模體(motif)表示具有特定功能的或作為一個獨立結構域一部分的相鄰的二級結構的聚合體，它一般被稱為功能模體（functionalmotif）或結構模體（structuralmotif），相當於超二級結構（super-secondarystructure）。模體和結構域一起組成了蛋白質的三級結構。 結構模體作為結構域的組分，介於蛋白質二級結構和三級結構之間，由相鄰的二級結構單元彼此相互作用，組合在一起，排列成規則的，在空間結構能夠辨認的二級結構組合體，並充當三級結構的構件，其基本形式有aa、bab和bbb等。多數情況下，只有非極性殘基側鏈參與這些相互作用，而親水側鏈多在分子的外表面。 常見模體： （1）左手超螺旋——3根右手a-螺旋擰到一起形成一個左手超螺旋； （2）右手超螺旋——3根左手螺旋擰到一起形成一個右手超螺旋，如膠原蛋白； （3）捲曲螺旋——相鄰的2根右手a-螺旋擰到一起形成一個左手超螺旋； （4）螺旋束——多個a-螺旋的聚合體； （5）b-摺疊-a-螺旋-b-摺疊，即bab； （6）b-髮夾環——兩個反平行b-股由一個環相連； （7）a-螺旋-b-轉角-a-螺旋，即aba； （8）a-螺旋-環-a-螺旋(EF手相）； （9）Rossmann捲曲——也稱Rossmann摺疊，它由兩個bab連在一起，形成babab結構，通常能結合輔酶I； （10）希臘鑰匙模體——是一種全b摺疊聚合體，存在於許多不同型別的蛋白質中，因在拓撲學上像古代花瓶上的希臘鑰匙而得名，清蛋白原就含有這種模體。 模體是刻畫蛋白質家族組成結構和執行功能的重要部分,但是對於透過各種生物資訊學方法識別出的模體,目前沒有很好的辦法辨別真假和優劣.文中提出一種新的模體評價策略,從分類器的觀點出發,對不同方法在同一個蛋白質家族上建立的不同模體進行比較,從而推斷出最具有生物意義的模體.本文在PROSITE資料庫中選取7個細胞因子家族,採用MEME和HMMER兩種模體識別方法分別識別每個家族的模體,將每個模體看作一個分類器,透過計算同一家族的每個模體的敏感性和特異性並比較它們對應的接收機操作特性曲線,進而比較不同模體,確定真的模體和排除假的模體,從而獲得每個蛋白質家族的最佳模體的模型.這種策略可以應用於對任意蛋白質家族模體識別結果的評價.此外,還可以利用最佳模體搜尋資料庫的結果預測每個家族的新成員.