紅巾軍雖然聲勢浩大，但是無法形成統一的戰線指揮，看看元末起義的人，雖然打著紅巾軍的旗號，尊著明王的口號，但有幾個是真正為明王賣命的？只不過都是為自己找一個個高的頂在前面，自己好在背後撈好處而已，而當好處都撈得差不多的時候，前面那個因為扛了太多傷害而掛了，之後，沒了前排的那些起義軍，就只能看誰的拳頭硬，誰的技術好而決定最終的贏家了！

這個要先了解紅巾軍本質上還是屬於農民起義。

中國古代的農民起義都有個共通的情況就是在政治上腐敗、瑤賦繁重、加上天災，但作為元朝末年的紅巾軍起義還有個元朝當時統治的特點，元朝等級制度森嚴也加重了底層人民的壓迫。

1.為了解除紅巾軍的威脅，元朝統治者下令免除南人、北人的界限，改變一切歧視漢人的政策，利用仇視紅巾軍的漢族地主勢力來鎮壓紅巾軍。

2.元朝統治者還利用賞爵利誘的辦法，賜給方國珍、張士誠龍衣、御酒和官號，使之與紅巾軍為敵，替元朝統治者賣力鎮壓紅巾軍。

3.更重要的原因還在紅巾軍內部矛盾導致互相仇殺，勢力大大消弱。

在這樣的情況下，紅巾軍主力逐漸開始處於不利形勢。

隨著勢力的此消彼長，紅巾軍日益陷入的包圍之中，在1359年，汴梁城破，劉福通保護韓林兒突圍出走，後被投降元朝的張士誠圍攻，劉福通犧牲，中原地區的紅巾軍政權線束了。

利用宗教教義來起義，其實也是失敗的一個原因，沒有讓起義者有更好約束，容易導致內部起衝突、分化。