區別大致在以下幾個方面：1、彈道不同：前者是固定設定的拋物線彈道，後者是按照自身氣動佈局產生升力在地形匹配器影響下做勻速飛行，其飛行軌跡可以變化，不是固定的；2、執行速度不同：前者末端速度可以達到20馬赫，後者一般亞音速，突破超音速的並不多，遠遠低於前者的最大速度；3、載彈量不同：前者可以搭載多個大質量彈頭，後者受制於航空發動機的推力侷限無法與火箭發動機的動力抗衡，載彈量是無可企及的；4、動力不同：前者使用火箭發動機，自帶大量燃燒劑與氧化劑，可以獲得巨大推力並脫離大氣層執行，後者使用航空發動機，必須依賴空氣（氧氣）作為氧化劑助燃獲得有限動力且只能在大氣層以內執行；5、射程不同：前者可以獲得數萬公里的最大射程，無論洲際、遠端、中程、程序彈道導彈，都可以輕易獲得超過5000公里以上的射程；而後者基本上在5000公里左右，難以獲得更大的突破；6、發射方式不同：前者採用陸基井、公路鐵路機動、海基潛艇、空基戰略轟炸機發射；而巡航導彈大多采用車載、潛艇、軍機來發射；7、制導方式不同：彈道導彈按既定彈道飛行，主要靠慣性導航，不受干擾。而巡航導彈導引方式多樣，GPS、雷達、無線電指令等，可以干擾；8、作戰任務不同：前者屬於戰略威脅武器，可以搭載核彈頭（多彈頭）來對敵人進行威懾，一般以攻擊敵方的大中型城市為目標；而巡航導彈是作為戰術武器使用的，由於其打擊精度較高，一般用於對敵方的指揮所等其他重要目標設施予以精確打擊。

應該是彈道導彈，兩者主要區別就是制導方式的不同，一般彈道導彈是慣性制導，按照固定的拋物線軌跡（彈道）攻擊目標；而巡航導彈則是GPS+慣性等多種制導方式，攻擊路線可以隨即調整，甚至可以盤旋在目標上空，等待攻擊時間，比較精確和智慧。

另外再提一下，有人會問，為什麼不把彈道導彈變成巡航導彈的模式呢？答案其實很簡單，目前已經有多種可以攜帶核彈頭的巡航導彈，所以沒有必要把彈道導彈變成巡航導彈。