主要看詞源。羅曼語詞源基本用in-，而日耳曼詞源基本用un-。---------------------------------------------------------------------------------------兩者都是來自於原始印歐語（Proto-Indo-European Language）擬構的否定字首n̥-，只是在後續的發展中，拉丁語和原始日耳曼語（Proto-Germanic Language）的進化不一樣，前者變成了in-，後者變成了un-。因此，來自於拉丁語及其子語言（如法語）的單詞，基本用in-以及相應的變體（im-/il-/ir-等等）表反義，比如impossible/illegal/irresponsible；而繼承自日耳曼的單詞，基本用un-，比如unhappy。並且這個字首是不用於動詞的（意思是它否定意義的帽子是套在名詞性或形容詞性詞根上的，至於在已經帶了in-的名詞、形容詞上再加上-ate/-ize等動詞字尾的單詞如illegalize，屬於後續派生，不在這個討論範圍內。想表達的意思就是，illegalize是illegal的動詞化，而不是legalize的反義，in-只能加在legal這種形容詞的前面）但是！但是！上面只是“基本”，還有很多例外，原因在於英語作為一個日耳曼語族的後代，雖然吸收了大量拉丁語及後代羅曼諸語的詞彙，它的最基礎的骨架仍然是日耳曼式的，比如過去式用-ed，過去分詞用-ed/-en，反義字首un-也是用得非常普遍。而在語言發展的過程中，un-不可避免地汙染到了拉丁系的詞彙，比如uneducated/uncertain。英語就是這麼任性……只能根據個人感覺說，拉丁系的單詞，用in-表反義的時候意思可能有微妙的變化，相當於是一個新的單詞，而且僅限於字首、詞根、字尾全都是拉丁系；而用un-表反義的時候，就相當於簡單地在前面加了個not，而且適用的單詞非常廣泛，比如拉丁詞根帶-ed/-ing的形容詞只能用un-表反義，例子仍是前面的uneducated。---------------------------------------------------------------------------------------另一個答案中的un-用於動詞的解釋，在語義上也是否定，但是在詞源上跟之前說的不一樣，用於表示相反動作（補集）的un-，實際是來自於原始日耳曼語的anda-/andi-，比如unlock/unpack/unbuckle等等。這種用法僅限於動詞及其派生形式。總結起來就是：首先，反義字首是套在詞義上的，有的時候套在詞根上，有的時候套在派生詞上，這個需要注意；其次，日耳曼式的單詞只用un-表反義；拉丁式的單詞多數用in-，少數用un-，-ed/-ing等日耳曼風格派生的單詞用un-；所有動詞需要反義的時候用un-（注意是套在動詞上的時候，不包括反義詞派生出的動詞）。