目前，輔助生殖技術（試管嬰兒）已經在全世界廣泛使用，在該程式的每一個階段，都有可能發生併發症，其中一些併發症很危險，甚至可能威脅生命，但是比例極低。

主要的併發症包括：

1. 卵巢過度刺激綜合徵、卵母細胞收集有關的併發症——主要在促排卵和取卵中發生；

（經陰道B超引導下穿刺取卵示意圖）

2.子宮附件扭轉——主要在取卵後發生；

3.異位妊娠——胚胎植入後或人工受精後發生；

（胚胎移植示意圖）

4.多胞胎——移植多枚胚胎，多胎妊娠，如雙胞胎、三胞胎、甚至四胞胎，多胞胎會導致孕婦生理負擔加重，胎兒營養和血供都會出現不均衡，對胎兒和孕婦都不好，需要減胎手術。當然，一般會移植一枚或兩枚，很少有正規機構會一次移植數枚受精卵；

5.感染和出血——取卵和植入過程發生；

6.腸道子宮內膜異位症——取卵後發生。

良好的臨床實踐規範需要生殖醫學臨床醫生注意預防這些併發症，與患者合力預防併發症發生。

但是，有輔助生殖技術需求的夫妻，不要因為極低的併發症而拒絕接受該技術支援，在嚴格的監控和規範的操作下，可以有效避免併發症的發生。