原生動物雖然很微小，人們用肉眼難以觀察，但是，這類動物卻直接或間接地與人類有著密切的關係。有的對人類有益，有的有害。例如：草履蟲能吞食細菌，淨化汙水；太陽蟲、鍾蟲可以做魚的餌料；痢原蟲、痢疾內變形蟲會使人得痢疾等。 具體如下：(1)對人類造成危害 a危害人體 　　 危害人體健康的病原體 寄生部位 引起疾病 症狀 傳播媒介 痢疾內變形蟲 腸道 米巴痢疾 大便血多膿少 經口 利什曼原蟲 巨噬細胞 黑熱病 肝脾腫大、發燒 白蛉 錐蟲 腦、脊髓 非洲昏睡病 昏睡、致死 舌蠅 b危害牲畜的病原體 　　 粘孢子蟲 引起魚類大量死亡 艾美球蟲 引起雞、兔死亡，死亡率很高 血孢子蟲 引起牛、馬血尿 c海洋中鞭毛蟲綱的夜光蟲等大量繁殖，形成赤潮，造成魚、蝦、貝類等海洋生物大量死亡，對海洋養殖帶來很大危害。 (2)有益於人類的方面 1.組成海洋浮游生物的主體. 　　 2.古代原生動物大量沉積水底淤泥,在微生物的作用和覆蓋層的壓力傷害下形成石油. 　　 3.原生動物中有孔類化石是地質學上探測石油的標徵. 　　 4.利用原生動物對有機廢物,有害細菌進行淨化,對有機廢水進行絮化沉澱. 　　 5. 科學研究的重要實驗材:草履蟲,四膜蟲是研究真核細胞細胞器的實驗材料.