明朝萬曆年間，西藏三世達賴喇嘛鎖南嘉錯到蒙古草原傳播黃教，看中了鄂爾多斯王愛召的這條土龍崗，要求建立寺院。28年後，鄂爾多斯博碩克圖濟農按照三世達賴喇嘛鎖南嘉錯的旨意，招攬能工巧匠，收集名石良木，於萬曆三十五年（1607年）開始主持營建，經過六年的施工，於萬曆四十一年（1613年）建成。次年（1614年），鄂爾多斯部蒙古首領舉行盛大的開光典禮，明朝廷賜其名為“廣慧寺”。

這座召廟蒙古語為烏哈格尼巴達古拉圪齊廟，得名因博碩克圖濟農後裔授封郡王銜，故改稱“王愛召”。也有的資料說王愛召是“王的廟”的諧音，因蒙古語“的”字發音為“愛”，因此民間俗語稱此廟為“王愛召”。還有一種說法是，王愛召得名還可能是因為這個召廟太讓蒙古王爺喜愛了，老百姓就俗稱它“王愛召”了。俗稱王愛召的出現，應該是在進入清朝以後。

據說王愛召也並不是鄂爾多斯地區最早的黃教寺廟，早在王愛召建成之前，在今達拉特旗蓿亥圖鄉境內就有一座召廟，蒙古語名為熱系全嶺廟，也稱浩欽召。據相關資料介紹，這座浩欽召修建於萬曆十三年（1585年），是鄂爾多斯地區最早修建的寺廟。浩欽乃召系蒙古語，意思是“舊的召廟”，這也說明浩欽召是鄂爾多斯蒙古部在明代修建最早的召廟，而這個“舊的召廟”相對應的“新的召廟”就是後來被俗稱為“王愛召”的廣慧寺。