1.歷史不同。最初基督教只有一個教會，1054年西部、東部教會分裂，以羅馬為中心的西部教會自稱“公教”即天主教，以君士坦丁堡為中心的東部教會稱“正教”即東正教。16世紀，西歐和北歐發生宗教改革運動，從天主教中分離出革新教會，統稱基督新教。

2.教會形式不同。天主教至今仍保留統一的教會，自稱“至聖、至公、至一，從宗徒傳下來的教會”，羅馬教廷為世界天主教中心。東正教原有以居士坦丁為中心的統一教會，隨著東羅馬帝國的滅亡，各國教會不相統屬，但駐在今天土耳其伊斯坦布林的君士坦丁牧首保留“普世牧首”的稱號。新教從產生即無統一教會，主要的新教派別有加爾文宗、路德宗、英國國教（聖公會）等。

3.宗教語言不同。天主教以拉丁語為宗教語言，但現在也允許各地以民族語言祈禱。東正教最初以希臘語為宗教語言，但因為現在已不存在統一的東正教會，所以一般用各民族語言。新教從產生之日即主張用各民族語言為宗教語言。

4.對教會與神職的認識不同。天主教、東正教認為，人必須透過教會並由神職人員才可以與神溝通，故教會與神職具有神聖性。新教則認為，人可以憑藉信仰與神溝通，不必透過教會與神職人員，教會只是教徒的團體，神職只是承擔教會工作的教徒。

5.對神職的要求不同。天主教的神職人員不可以結婚。東正教原也如此，但現在已不嚴格。新教的神職完全可以結婚。天主教、東正教神職須為男性，女性只可為修女。新教女性也可以為神職。