首先，我們要清楚，底過濾是魚缸過濾系統中過濾功能最強大的。底部過濾是放在水族箱底部，它由許多的網板組合而成，在網板上可以連線水泵的進水管，當水泵工作時，水流透過網板的底部的導流槽進入到過濾槽內，過濾後的水再回到水族箱內，進行一個良好的水迴圈 ，是培養硝化細菌最好的過濾，也是處理能力最強的。基於它強大過濾系統，所以很多朋友在買到頂過濾的魚缸的時候，也會特別定製成底過濾。

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我們再來看看底過濾的擺放順序：第一格，水泵（也可以放入加熱棒），第二格/第三格/第四格，網格板，活性炭，陶瓷環，生化棉，過濾棉。

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底過濾的工作原理賦予了它強大過濾功能，那麼除了以上的這些，它還有其他的優點，比如，過濾面積大，當水泵工作時，底部過濾網與水族箱的底部的空隙中，會形成一股強有力的水流，將網板上的髒物吸到過濾槽內。

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事事都有兩面性，說了底過濾這麼多的優點，那麼我們接著說一下底過濾的缺點。底過濾體積偏大，一般得佔用魚缸底櫃空間，其次對水泵要求比較高，功耗比較大，水泵必須和溢流配合妥當，否則又水滿金山或水泵乾燒！特別要提醒的是，底部過濾的使用，抽水泵的功率不能太小，功率太小，底部的水流速太慢，容易滋生藻類，藻類在慢水流中，會大量繁殖。因此，使用底部過濾器時，所使用的過濾器的功率一定要大，這樣可以提高底部水的流速，使藻類不能在底部生存。