新農合歸國家衛生部門管理。

　　新型農村合作醫療制度，簡稱新農合，是由政府組織、引導、支援，農民自願參加，個人、集體和政府多方籌資，以大病統籌為主的農民醫療互助共濟制度。2002年10月，中國明確提出各級政府要積極引導農民建立以大病統籌為主的新型農村合作醫療制度。2009年，中國作出深化醫藥衛生體制改革的重要戰略部署，確立新農合作為農村基本醫療保障制度的地位。合作醫療是由農民自己創造的互助共濟的醫療保障制度，在保障農民獲得基本衛生服務、緩解農民因病致貧和因病返貧方面發揮了重要的作用。它為世界各國，特別是發展中國家所普遍存在的問題提供了一個範本，不僅在國內受到農民群眾的歡迎，而且在國際上得到好評。

　　衛生部是根據以農村為重點、預防為主、中西醫並重、依靠科技與教育、動員全社會參與、為人民健康服務、為社會主義現代化建設服務的新時期衛生工作方針，衛生部的主要職責是:研究擬定衛生工作的法律、法規和方針政策，研究提出衛生事業發展規劃和戰略目標，制訂技術規範和衛生標準並監督實施。研究提出區域衛生規劃，統籌規劃與協調全國衛生資源配置，制訂社群衛生服務發展規劃和服務標準，指導衛生規劃的實施。研究制訂農村衛生、婦幼衛生工作規劃和政策措施，指導初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術的實施。貫徹預防為主方針，開展全民健康教育。制訂對人群健康危害嚴重疾病的防治規劃;組織對重大疾病的綜合防治;釋出檢疫傳染病和監測傳染病名錄。研究指導醫療機構改革，制訂醫務人員執業標準、醫療質量標準和服務規範性並監督實施。