中藥材施肥要在有機肥的基礎上施用適量的化肥，二者的配合施用才有助於產出和藥效的綜合提高。近年來一些研究表明，單獨多用有機肥也不完全適合於各種藥材植物，如人糞尿用在人參和西洋參上容易抑制鬚根的發育；在黃芪上全部施有機肥的效果不如施專用複合肥的效果好。
在施用有機肥的基礎上化肥的施用原則為：謹慎施用化學氮肥，重視配施化學磷鉀肥，巧施中微量元素肥料。例如，以花和果為藥用器官的中藥材植物，要注重配施磷鉀肥；以根和鱗莖為藥用器官的中藥材植物，要特別注意鉀肥的施用。對於各種中草藥植物的施肥來說，化學氮肥的使用都要特別謹慎，過量施氮會導致藥性降低或者徒長與爛根。由於中藥材植物既要獲取適量的藥材又要有較高的藥效，根據近代藥物化學的研究表明，起藥物作用的有效成分大部分都是一些體內次生代謝產物，為了這些成分的產出和作用效果，在施肥供應上不僅要保證大量元素，還需要微量元素的參與。但很少量的微量元素肥料（一般用量在每畝4兩至兩公斤之間，因不同元素而異）透過土壤使用時，必先和大量有機肥摻混後才可施得均勻。當微量元素肥料直接噴施時，一定要把握肥液的適當濃度和使用次數，這樣才有預期的效果。
中藥材種植不宜使用的肥料：
一、含有毒害作用的肥料。主要是農作物生產中使用最多的尿素。尿素在農作物生產過程中，常生成少量的縮二脲，該物質的含量超過2％，對種子和幼苗就會產生毒害。另外，含氮量高的尿素分子也會透入藥材種子的蛋白質分子結構中，使蛋白質變形，影響種子的發芽。
二、含有害離子的肥料。一類是氯化鉀、氯化銨。此類化肥含有氯離子，施入後會產生水溶性的氯化物，對種子發芽和幼苗的生長不利。另一類是硝酸銨、硝酸鉀。因含有硝酸根離子，對種子發芽影響很大。
三、含有腐蝕作用的肥料。如碳酸氫銨和過磷酸鈣。若用此類化肥作中藥材栽培時的種肥，對種子的發芽和幼苗都會產生嚴重危害。若土質差，一定要施用此類肥料，可將其施在溝下或底層，上面覆蓋一層細土後再撒播藥材種子；也可將過磷酸鈣與土雜肥混合均勻後施用。在種植中藥材時應避免此類化肥與藥材種子的幼苗直接接觸。
中藥材施肥要在有機肥的基礎上施用適量的化肥，二者的配合施用才有助於產出和藥效的綜合提高。近年來一些研究表明，單獨多用有機肥也不完全適合於各種藥材植物，如人糞尿用在人參和西洋參上容易抑制鬚根的發育；在黃芪上全部施有機肥的效果不如施專用複合肥的效果好。
在施用有機肥的基礎上化肥的施用原則為：謹慎施用化學氮肥，重視配施化學磷鉀肥，巧施中微量元素肥料。例如，以花和果為藥用器官的中藥材植物，要注重配施磷鉀肥；以根和鱗莖為藥用器官的中藥材植物，要特別注意鉀肥的施用。對於各種中草藥植物的施肥來說，化學氮肥的使用都要特別謹慎，過量施氮會導致藥性降低或者徒長與爛根。由於中藥材植物既要獲取適量的藥材又要有較高的藥效，根據近代藥物化學的研究表明，起藥物作用的有效成分大部分都是一些體內次生代謝產物，為了這些成分的產出和作用效果，在施肥供應上不僅要保證大量元素，還需要微量元素的參與。但很少量的微量元素肥料（一般用量在每畝4兩至兩公斤之間，因不同元素而異）透過土壤使用時，必先和大量有機肥摻混後才可施得均勻。當微量元素肥料直接噴施時，一定要把握肥液的適當濃度和使用次數，這樣才有預期的效果。
中藥材種植不宜使用的肥料：
一、含有毒害作用的肥料。主要是農作物生產中使用最多的尿素。尿素在農作物生產過程中，常生成少量的縮二脲，該物質的含量超過2％，對種子和幼苗就會產生毒害。另外，含氮量高的尿素分子也會透入藥材種子的蛋白質分子結構中，使蛋白質變形，影響種子的發芽。
二、含有害離子的肥料。一類是氯化鉀、氯化銨。此類化肥含有氯離子，施入後會產生水溶性的氯化物，對種子發芽和幼苗的生長不利。另一類是硝酸銨、硝酸鉀。因含有硝酸根離子，對種子發芽影響很大。
三、含有腐蝕作用的肥料。如碳酸氫銨和過磷酸鈣。若用此類化肥作中藥材栽培時的種肥，對種子的發芽和幼苗都會產生嚴重危害。若土質差，一定要施用此類肥料，可將其施在溝下或底層，上面覆蓋一層細土後再撒播藥材種子；也可將過磷酸鈣與土雜肥混合均勻後施用。在種植中藥材時應避免此類化肥與藥材種子的幼苗直接接觸。