1、成員不同

歐洲理事會又稱歐盟首腦會議或歐盟峰會，是歐盟最高決策機構，由歐盟成員國國家元首或政府首腦及歐洲理事會主席、歐盟委員會主席組成。

歐盟委員會設有28個委員，其中一名擔任歐盟委員會主席領導整個委員會，非主席的那些委員也根據其職責領域被稱為歐盟某某（比如外交）事務專員。

歐洲理事會主席產生：歐洲理事會主席將透過選舉方式產生，任期為兩年半。

歐盟委員會主席產生：歐盟委員會主席由歐盟理事會和成員國政府首腦一起決定，並需要得到歐洲議會的贊成。

2、機構不同

歐洲委員會是最高決策和執行機構，由各成員國一名代表組成，每年召開兩次會議。下設部長代表委員會，由成員國各派一名常駐代表（大使級）組成，處理日常事務。部長委員會主席由各成員國代表輪流擔任，任期半年。

歐盟理事會是決策機構。歐盟部長理事會負責準備每次歐洲理事會並和歐洲議會一起編寫把歐洲理事會決策付之實施的法律檔案，制定歐盟法律和法規。

3、職能不同

歐洲委員會實際是另外一個獨立的機構，雖然它和歐盟委員會的駐地都在斯特拉斯堡，但不能把它和歐盟委員會混淆。歐盟委員會相當於歐洲的“政府”，但是它的職能還沒有發展到政府的階段。