一、科目分類不同

1、石花菜

屬石花菜目、石花菜科、石花菜科屬、石花菜種。

2、龍鬚菜

屬百合目、百合科、天門冬屬、龍鬚菜種。

二、形態特徵不同

1、石花菜

扁平直立，叢生成羽狀分枝，小枝對生或互生，各分枝末端急尖，一般高10-30釐米。單軸型。皮層細胞間具有許多根樣絲。四分孢子囊由末枝形成，呈十字型分裂。石花菜顏色有紫紅、深紅或絳紫色，在受光多的海區生長的往往呈淡黃色。

2、龍鬚菜

直立草本，高可達1米。根細長，莖上部和分枝具縱稜，分枝有時有極狹的翅。葉狀枝，窄條形，鐮刀狀，基部近銳三稜形，上部扁平，鱗片狀葉近披針形，基部無刺，花腋生，黃綠色，花梗很短，雄花：雌花和雄花近等大，漿果熟時紅色。

三、生境與分佈不同

1、石花菜

生長於海里的珊瑚礁上，喜歡生長在水質清淨、潮流通暢、鹽度較高的海域。屬於世界性的紅藻。在太平洋沿岸的美國、墨西哥、智利、日本和北韓等有其分佈。中國北起遼東半島南至臺灣沿岸都有分佈。

2、龍鬚菜

生於海拔400-2300米的草坡或林下。分佈於中國黑龍江、吉林、遼寧、河北、河南、山東、山西、陝西和甘肅。也分佈於日本、北韓和俄羅斯西伯利亞。