《萬曆十五年》主要講述了萬曆年間的幾個重量級人物，包括萬曆皇帝、首府張居正、清官海瑞、戚繼光、李贄等。書中涉及了官員的道德、為官的技術、官場哲學等。

大明王朝的最後一任皇帝朱由檢，勤勉，節儉，治國也頗有建樹，但依然挽救不了積重難返的王朝。萬曆十五年這本書試圖用幾個人物的剖析來解釋造成大明王朝滑向深淵的原因。萬曆朝對內對外的戰爭都取得了不俗的戰績。整個國家的執行也算平穩，但種種致命的隱患卻為以後王朝的覆滅埋下了種子。

一句話：傳統中國最成熟時期的切片活檢。

一段話：

黃仁宇選擇的明萬曆十五年（1587），處於傳統中國的最成熟時期，社會規範已經完全確立，幾乎所有的行為都可以從中找到合法性依據，沒有摧毀性的外力衝擊和內部叛亂，也沒有積極的進取心態和危機意識，整個社會的運作都是為了尋求內部的平衡和延緩危機的發生，一個古老的帝國，在黎明前做著最後的甜夢。

紫薯補丁：

社會的歷史最終總是人的歷史。儘管《萬曆十五年》在很大程度上接受了法國年鑑學派的方法，以其平實而獨特的視點和嚴謹而博大的史觀為人稱道，但它的核心並沒有背離中國古典史學的要則：知人，所以論世。

要在《萬曆十五年》描述的社會生存並取得成功，一個必要條件就是習慣於“不可避免的妥協”。尤其對於那些不同凡俗的人物，他們的每一種做法都註定會遭到社會規範（其代表為操縱社會權力的文官集團）的巨大的壓迫或對抗，從而始終無法突破規範的苑囿。更可悲的是，這些做法對萬馬齊喑的社會幾乎全無效力，激烈的嘶喊得不到任何呼應，他們的結局只能是在寂寞中沉淪，或在寂寞中死去。

對於強大而無處不在的規範，所有人始終只能在邊緣徘徊，進退失據，出入兩難，正如作者所言“最後的結果，都是無分善惡，統統不能在事業上取得有意義的發展，有的身敗，有的名裂，還有的人身敗而兼名裂”。每個人都在規範的網中無望地掙扎著，遠遠望去，他們的背影是如此孤獨。