無論那種語言都有它的語系，但有一種語言卻例外，那就是日語。曾有人認為日語與漢語是同一語系，因為日文中夾雜著漢字。其實不然。漢語屬漢藏語系漢語族，而日語屬哪種語系，至今仍是一個謎。

如何確定不同語言是否同一語系，在語言裡一般是透過辨別各語言中數字讀音相似與否來確定的。在當今世界語言中，沒有發現與日語數字讀音相似的數字讀音，因此，美國學者將日語列為獨立語系，中國學者將其視為系屬不明的語言。

但日本學者對日語作為一種孤立的語言體系而存在不滿，總想找出日語的所屬語系來。有人把日語與太平洋諸島語言相比較，把日語與南美語言相比較，但都沒有令人滿意的結果。現在能明確證明與日語同系的語言只有沖繩語，而沖繩是日本領土的一部分，沖繩語充其量也就是日語的一種方言而已。

從日語的語法結構看，日語具有與阿爾泰語系相似的一些特徵，由此有人推斷，日語可能和阿爾泰語系相關聯，如果這種可能成立的話，將證明日本人祖先中的一支來自亞洲北部的蒙古高原、西伯利亞平原，經庫頁島、北海道或千島群島、北韓半島，進入日本本土。對於中日兩國同文同種的誤會，則是由漢文化對日本的歷史影響造成的。公元4世紀，漢字和漢文化被引進日本，對豐富日語詞彙起了重要作用，但日語只是從漢語中吸收了大量的文字、詞彙、修辭等形式上的東西併為其所用，而並沒有改變日語固有的語言思維方式、語序、語法結構等本質性的東西。中日兩國，既不同文，也不同種。

那麼，日語到底屬於何種語系，至今也無法解答。