動物糞便(包括人類的)都是很好的有機肥，在自然界中能很好地找到喜歡它們的動植物。動物糞便對大自然來說是有機迴圈中不可或缺的一部分。

人們對糞便的集中處理主要在除臭和脫水，這二步完成後便變成了植物很好的有機肥。

這是一把雙刃劍，豬糞多的時候汙染河流，地表水，水裡面魚因為氮磷和糞濃度過高，魚直接死絕，同樣過多豬糞汙染地面，土質過於肥沃或者糞裡病原、重金屬超標直接破壞地表的正常迴圈；當然豬糞經過壓榨，糞池沉澱，金屬分離，是完全可變成好的有機肥.

牲畜集中養殖時的糞便汙水都滲入了地下或流入河川，造成飲用水被亞硝酸鹽所汙染，進一步造成飲用者身體的傷害與嬰兒猝死的悲劇。飲用了被亞硝酸鹽所汙染的水，會造成人體在健康上的極大威脅。亞硝酸鹽與血紅素的結構相似，其與血紅素競爭的結果，造成血液攜氧量降低，而孕婦因為缺氧，往往導致胎兒罹患藍嬰症、使胎兒腦部受到傷害。亞硝酸鹽亦會透過哺乳進入嬰兒體內，危及胎兒健康。

畜牧業是高汙染、高耗能（大量消耗水源糧食）行業，除了洗滌動物糞便的水之外，還包括畜牧業的其它用水。以美國的畜牧業為例，在美國大多數穀物不是給人吃的，有80%的玉米、90%的黃豆和麥子都被做成飼料餵養牲畜，也就是說，需要大量灌溉用水種植穀物，餵養牲畜。再加上農戶使用過量的殺蟲劑、化肥與除草劑，這些都直接或間接的造成大規模水源汙染。

在豬糞、雞糞當中的細菌約有30－40%，對22種抗生素出現抗藥性，這是一個很可怕的數字，也就是說這些細菌要是在人畜之間共同感染，屆時被感染的人將面臨用藥無效、無藥可施的窘境。另外這些殘留在肉品當中的抗生素，也會破壞人體腸道內有益菌種的生態，造成消化不良。長期食用更造成貧血、癌變等危險。