可以採取兩種方式，第一，經過協商調換崗位，進行崗位培訓等方式，如果員工依舊不能勝任，可以提前三十日通知，或者多支付一個月工資標準的經濟補償金，進行解除。第二，直接通知解除勞動關係，但是可能會被仲裁為違法解除勞動關係，會被申請相當於經濟補償金兩倍的賠償金，或者繼續履行勞動合同。

勞動法對公司解僱員工、解除勞動關係的限制還是比較多的，除非理由正當，否則主動權還是在員工當事人一方。

當然既然已經不合格了，肯定是有些地方與公司的規章制度有牴觸，可以考慮從違反公司制度考慮，所依據的制度必須是經過民主程式且當事人知曉或者認可的，收集好證據，達到制度規定解除勞動合同條件的，就根據流程按章辦事解除勞動關係。

若是沒有違反公司規章制度，那麼合理合情又沒有後顧之憂的方法就是雙方協商一致解除勞動合同了，具體協商內容根據各自情況確定，互惠互利，各不相欠，這個是最理想的狀態。

若是沒有正當理由的話，願意付出一些成本的，那就是粗魯的、直截了當的提出解除勞動合同，要求當事人儘快離職，支付補償金。除非當事人對補償的金額滿意，要不然還是可以申請恢復勞動關係的。看過真實案例，一個公司高管不認補償要求恢復勞動關係，法院支援當事人訴求，可當事公司更絕的是，在這之前透過公司會議決議把該公司的這個崗位取消了，導致恢復勞動關係不能履行，最終還是隻能拿賠償。所以這個處理方法的結果有不確定性，取決於當事人傾向哪一個結果，採取哪些行動了。

再者，僅是覺得員工不合格，又拿不出正當理由或者證據的，還不想付出成本的，那隻能是不顧廉恥地開啟擠兌模式了，各個層面不給員工舒服，直到當事人無法忍受憤而辭職。這只是下下策，也是不符合當下倡導的建立和諧勞動關係要求，企業應該有企業的社會責任感，創造美好友善的社會關係是基本要求，應該注重維護員工的合法權益，實現雙方共贏。

第一，嚴格按照勞動合同規定執行，要解僱正式員工至少需要提前三十天通知到其本人，同時必須按照相關規定進行補償。

第二，必須由直屬上司而不是HR通知員工，有些管理者會逃避這個難題，所以選擇讓HR直接通知員工離職，殊不知這樣的流程是非常錯誤的，HR的通知不僅會讓被辭員工很難接受和理解，而且還會激化矛盾，而讓本部門領匯出面溝通，反而會讓員工心理上能好過很多，接受起來也不會那麼難。

第三，面對面溝通時要直接和坦誠，談離職沒必要繞那麼多彎子，其實一個員工到了被約談離職的地步，基本上他已經會有預感了，作為直屬上司要做就是直白和坦誠的告訴員工，公司會於何時讓其離職，而辭退其的原因是基於如下事實和理由，比如業績不達標，或工作嚴重違紀，或其他正大光明的理由。

第四，給予離職員工一些合理的建議和有效地幫助，除了極少數完全不可救藥的垃圾員工，其實大部分被辭退的員工只是因為他不適合目前的工作崗位，作為他的直屬上司，可以給予他一些好的建議，比如一個性格內向的人做了銷售，因為業績不達標被辭退，那麼可以建議其從事一些不需要跟太多人打交道的技術性工作，當然如果可以給他介紹一份適合他的新工作，那就更好了。

基本上，能夠做到以上幾點，我們就能妥善處理此問題了。