明末時期，軍餉剋扣是由於大明王朝的財政奔潰。

明朝，其實一直執行的是閉關鎖國的政策，直到隆慶帝，才出現改變，他下令開放海關，允許貿易，史稱“隆慶開關”，隨著貿易的增加，大明的財政收入有所增加，而且，隨著，張居正的一條鞭法改革，讓國家財政有所好轉，可惜，張居正死後，變法失敗，萬曆年間的三大徵後，基本耗盡了大明的財政，讓大明財政開始惡化。

而且災荒十分嚴重，在災荒嚴重而且土地兼併十分嚴重的情況下，政府還大力征稅，根據《明史·崇禎本紀》記載:春閏正月乙酉，振真定飢。戊子，振京師饑民。癸卯，振山東飢……戊寅，以久旱求直言。三月甲申，禱雨。戊戌，振畿內飢。丁未，免河北三府逋賦……秋七月庚辰朔，畿內捕蝗。己丑，發帑振被蝗州縣……八月甲戌，振江北飢。

大量的徵稅，失去土地的農民，自然災害的條件下，地方官員的極度腐敗，終於，農民起義爆發，與此同時，後金也逐漸崛起，大明兩線作戰，財政收入早就入不敷出，國庫空空如也，剋扣軍餉也是常有的事情了。

簡單點說，朱家王朝養了一大批親戚，他們沒有太多人身自由，久而久之，養了一大批皇親國戚，他們中間倒是有精通琴棋書畫的，但畢竟是少數，大部分每天尋歡作樂，這是明末最大的蛀蟲之一，還有就是眾所周知的官員腐敗，舉個例子，明末，皇親們的孩子起名要花錢找有關部門起，有個皇親沒啥錢，孩子被起了個特難聽的名，皇親都被欺負成這樣，老百姓和普通士兵的處境可想而知，軍餉更是少之又少啊。你再看看明末那幾個皇帝，宋徽宗文藝範但是荒廢朝政，還出了個木匠皇帝....末帝的吝嗇也是令人咋舌，本來治理的就不好，連年戰事更是拖垮經濟，而且還老輸，皇帝對這沒啥信心，一直保守，軍餉，甭提了。