為保證接種不受雜菌汙染，除了做好接種場所消毒以外，菌種的預處理也非常重要。預處理包括菌種質量檢驗、菌種瓶（袋）表面和瓶（袋）口消毒。

（1）菌種質量檢驗

料袋接種前必須對所用的菌種進行檢驗，合格栽培種的標準是：

①菌齡。秀珍菇三級種菌齡以35～40天為宜。菌齡太老，生活力弱。

②純度。菌種純度要求100%，不得帶有任何雜菌汙染，不得有懷疑或不正常現象存在。

④顏色。色澤潔白，不出現萎黃或白中帶黃、變紅等異色。

⑤氣味。開啟封口可聞到姬菇的菌香味，無酸臭味、黴變味和異味。

⑥基質。培養基與菌絲體互相連線不鬆散，菌種體無脫壁或脫袋現象，手捏基質有水印出現。

如果瓶壁出現黃色水珠，菌絲萎縮與瓶壁脫離，表面菌被變褐色，培養料乾涸鬆散，或出現較多原基扭結，說明菌種已老化，質量不合標準；若發現菌種瓶（袋）內形成黃褐色拮抗線，或色澤變黃，以及紅、綠、黃、黑色斑點，系雜菌汙染，應淘汰。

（2）菌種預處理方法

先用75%酒精或3%來蘇兒揩擦和清洗菌種瓶（袋）表面，然後在無菌條件下拔掉瓶口棉塞，用接種鏟或鑷子將瓶口或袋口老菌種、老化菌膜或少量形成的白色小原基一併刮挖攝出丟棄，並用棉球蘸75%酒精，揩擦瓶（袋）口內壁四周消毒，最後繫好袋口或封好瓶口，與料袋一起搬入接種室（箱）內消毒後，用於接種料袋。若為袋裝三級種，也可先表面清洗消毒後直接用於接種料袋，只是使用時需劃破袋底，從底部開始用起，將至袋口時留1釐米左右厚的菌種不用即可。

菌種使用前先用高錳酸鉀溶液或酒精進行表面消毒，搬進接菌室內連同栽培袋及工具進行第二次消毒。如果菌種瓶是用棉塞封口的，一定要嚴格檢查棉塞下方是否染有雜菌。因菌種培養時間長達1個月左右，其棉塞內常因培養料水分蒸發而受潮，或棉塞過鬆使雜菌侵入，而在棉塞下方滋生雜菌。如果在接菌室內拔出汙染的棉塞必然將雜菌傳播在室內造成汙染。因此使用前一定要嚴格檢查。一經發現，棄之不用。