朱元璋在南京建立明朝，一直到建文帝朱允文，只有一套中央班子。後來朱棣篡位，遷都北京，北京自然有了一套中央班子；但是南京成為南直隸，一直另有一套中央班子，就像陪都一樣，但大都是擺設，權力都在北京。

其實唐朝也有這種情況。長安是都城，但是洛陽一直被稱為東都，有幾乎完整的中央辦事機構。後來武則天很多時間都在洛陽度過，一則她要篡唐，就比較討厭唐朝的故都，也有另打鑼鼓再開張的意思；一則洛陽比長安繁華，氣候適宜，待著舒服。

雖然說表面上由於靖難之役後，朱棣遷都造成了存在兩套領導班子的結果，但是實際掌權者毋庸置疑是朱棣這邊的勢力。

靖難之役本質上是皇權鬥爭，儘管皇帝一直以來都對黨爭深惡痛絕，但事實上皇族才是黨爭背後的實際統領者。因此繼承的正統也是關係到皇帝尊嚴的。站在如今的角度看，朱棣的皇位顯然是非正常手段奪來的，正是因為這樣，他始終不承認朱允炆的帝位。

朱允炆到底有沒有被處死我們不得而知，可以明確的是朱棣根本不承認朱允炆的實力，認為他不配成為皇帝，是朱元璋看走了眼。但是太祖得承認，因為他是朱元璋實實在在的兒子。所以朱棣一隻強調自己繼承的是明太祖朱元璋的帝位。（歷史記載是廢了建文帝的年號）

朱棣登上皇位後，採取了兩個措施，一是恢復朱元璋時期制定的相關法制與官制；二是加大力度削藩。插一個題外話，朱允炆失敗的根本原因不在於兵力，從靖難之役就可以看出來，而是失敗於內外勾結。歸根，朱棣才是那個最大的藩王。

言歸正傳，朱棣從根本上不認可朱允炆，自然要換了明朝“天地”，所以在保持南京的領導班子不變的基礎上（當然是剔除舊黨後），在北京登基，自然有了另一套輔佐自己的官員。其實，朱棣在攻入南京城後，為了揚威，株連了很多建文帝時期的官員，南京皇宮也被焚燒，所以這個地方屬實不適宜在做皇宮。

但為什麼一直保留南京，成為了南直隸，我想更多的是因為紀念朱元璋。他雖然抱有恨意，但是畢竟是太祖之地。（觀點僅代表個人看法）