據出土文物證實，遠在四千年前，我們的先民就在此山上留下足跡。春秋戰國時，越王勾踐曾將普陀山及附近諸島稱為“甬東”，秦朝安期生、晉朝葛洪等人都先後來山採藥和修煉。

相傳漢代大儒梅福曾來山隱居，故普陀山初名梅嶺山。唐朝佛教盛行，公元九世紀中葉，有天竺(今印度)僧人來山，並得梵名“補怛洛迦”(意即美麗的小白花)。

唐大中十二年(858年)，日本僧人惠鍔從五臺得觀音像歸國，途經普陀洋麵，遇風受阻，來到普陀。

宋神宗元豐三年(1080年)，開始在普陀山正式建寺，賜名“寶陀觀音寺”。

宋高宗紹興元年(1131年)，朝廷將島上所有漁民遷出，闢為“佛地淨土”。宋寧宗嘉定七年(1214年)指定普陀山重點供奉觀音，山中各寺院內均塑觀音像，於是觀世音與普陀山結下不解之緣。

因《華嚴經》載：“於此南方有山名補怛洛迦，彼有菩薩，名觀自在”，遂被附會為觀音菩薩的道場，成為佛教四大名山之一。元、明、清各朝都曾對普陀山賜金撥銀，進行修繕和擴建。

清康熙年間，荷蘭殖民者點據普陀山，將寺院焚燬殆盡。後來，康熙皇帝兩次撥款修復，到清中葉已擁有三大寺、八十八庵院（中型佛寺）、一百二十八茅棚（小型寺院）。

大部分建置在島的東南部。當時山上香火鼎盛，僧眾多達三千餘人。普陀山成了聞名海內外的佛教勝地，國內各地以及日本、東南亞的佛教徒前來此“海天佛國”朝拜的，絡繹不絕。

直到1945年抗戰以後，普陀山尚有大小寺院庵堂八十餘所。這個所謂佛國聖地，名揚海外，尤其在東南亞佛教界和華僑中影響很大。

解放後，國家對主要寺院和風景點進行了多次整修，國內外遊客更是紛至沓來，四季不絕。普陀山現正在修復中，目前對外開放的有三大寺、四大庵等二十多個風景點。