樊樹志的《萬曆傳》考究裡，中允地解釋了明神宗怠政原因，源於健康狀況惡化非子虛烏有，追溯萬曆十四年九月十八日以後，皇帝因病免朝，言“頭昏眼黑，力乏不興”，對祭享太廟活動也只能權讓勳貴代理，並無奈地說道“非朕敢偷逸，恐弗成禮”，後來又遣內使對內閣傳諭“聖體連日動火，時作眩暈”，“聖體偶因動火，服涼藥過多，下注於足，搔破貼藥，朝講暫免。”與定陵發掘後查證神宗左足有疾互相引證。且當萬曆十五年三月初六，聖體初安以後，神宗旋即上朝聽政，隨後又與三輔臣見面，並打招呼說“朕偶有微疾，不得出朝，先生每憂心。”十六年二月初一又如常參與文華殿經筵，並興致勃勃地與閣臣討論《貞觀政要》，唐太宗與魏徵。萬曆十八年正月初一時，收到雒於仁奏疏的神宗召見首輔申時行入見，當申時行向他提出皇上有病需要靜攝，也當一月之間至少數次視朝，神宗並沒有惱怒，只是解釋道“朕病癒，豈不欲出！即如祖宗廟祀大典，也要親行，聖母生身大恩，也要時常定省。只是腰痛腳軟，行立不便。”次年病情稍好後神宗與閣臣談起病情，也是真情流露地說起自己久病的心情“朕近年以來，因痰火之疾，不時舉發，朝政久缺，心神煩亂”。乃至神宗在位中期王家屏，王鍚爵輔政期間仍是“面目發腫，行步艱難”，以致連嫡母仁聖皇太后陳氏病逝，一向孝順聞名的神宗也因病動彈不得，只能遣人代理，而遭受到朝臣猛烈的評擊責難，有苦難言，此後神宗病情反覆，在萬曆三十年病情之差甚至要一度立下遺旨，向沈一貫託孤。可見神宗在位期間的“動履不便”“身體虛弱”以致在位期間怠政，實不是推諉託辭。

萬曆中期後雖然不上朝，但是並沒有出現英宗以來的宦官之亂，也沒有外戚干政，也沒有嚴嵩這樣的奸臣，朝內黨爭也有所控制，萬曆對於日軍攻打北韓、女真入侵和梃擊案都有迅速的反應，如萬曆二十四年，乾清坤寧兩宮大火，神宗下罪己詔書，表示雖然忽略一般朝政庶務，但還是關心國家大事，而處理政事的主要方法多是在九重宮闕下透過諭旨的形式向下面傳遞，並透過一定的方式控制朝局。