燕王朱棣入京師應天府後，惠宗在宮中舉火，皇后自焚死，惠宗本人及其太子朱文奎則不知所蹤，至今其下落仍是未定論的歷史之謎。有稱其從地道逃亡，也有稱其離宮後出家為僧。
朱棣入京後，先捕殺齊泰、黃子澄、方孝孺及大批忠於惠宗的官員後，方稱皇帝，是為明成祖。當時駙馬都尉梅殷在軍中，從黃彥清之議，為惠宗發喪，諡“孝愍皇帝”，廟號“神宗”，但是不被成祖承認。
雖然朱棣宣稱在宮中找到惠宗的屍體，併為他舉行葬禮，但朱棣對惠宗未死的傳言不敢掉以輕心。惠宗年僅2歲的幼子朱文圭被廢為庶人，並囚禁於鳳陽廣安宮。惠宗的三個弟弟原本封為親王，尚未就藩，朱棣將他們降為郡王。年長的朱允熥和朱允熞先被封至福建漳州和江西建昌，旋被召回京師（南京），以“不能匡正建文帝”為由廢為庶人，並囚禁於鳳陽，只留下幼子朱允熙給朱標奉祀，而不久之後朱允熙也於永樂四年死於火災。
溥洽是惠宗主錄僧，當時傳聞他知道惠宗出逃的事，朱棣遂以其它罪名囚禁溥洽長達十餘年，直到姚廣孝病危時請求朱棣釋放溥洽，溥洽才獲釋。
明成祖即位後，不承認惠宗的正統性，下令銷燬建文朝史料，並先後三次修改明太祖實錄。成祖還下令作《奉天靖難記》，對懿文太子及惠宗多加詆譭]。
正統五年，有僧自雲南至廣西，詭稱建文皇帝。隨後被逮捕調查，乃是鈞州人楊行祥，隨後下獄而死。同行十二位僧侶，皆戍遼東。隨後，雲南、貴州、四川等地均相傳有帝為僧時往來跡。正德、萬曆、崇禎年間，諸位大臣請求續封惠宗，及加廟諡，均未成行。雖然《太宗實錄》(成祖原廟號太宗) 稱惠宗被朱棣以天子禮下葬，但崇禎帝在位時卻親口承認建文並無陵墓。崇禎十七年（1644年）五月，南明的弘光帝在南京即位，於同年七月為惠宗君臣平反，上廟號“惠宗”，諡號為“嗣天章道誠懿淵功觀文揚武克仁篤孝讓皇帝”。清朝乾隆元年，乾隆帝詔廷臣集議，追諡曰“恭閔惠皇帝”，故後世也稱惠宗為“明惠帝”。
2008年1月，福建省寧德市金涵鄉上金貝村發現的一個和尚墓被認為是惠宗的墓葬所在，這個墓穴也是迄今為止福建發現的最大的和尚墓。然而，建文帝的最終下落至今仍是不解之謎，一說建文帝藏身於湖南省永州市新田縣。
燕王朱棣入京師應天府後，惠宗在宮中舉火，皇后自焚死，惠宗本人及其太子朱文奎則不知所蹤，至今其下落仍是未定論的歷史之謎。有稱其從地道逃亡，也有稱其離宮後出家為僧。
朱棣入京後，先捕殺齊泰、黃子澄、方孝孺及大批忠於惠宗的官員後，方稱皇帝，是為明成祖。當時駙馬都尉梅殷在軍中，從黃彥清之議，為惠宗發喪，諡“孝愍皇帝”，廟號“神宗”，但是不被成祖承認。
雖然朱棣宣稱在宮中找到惠宗的屍體，併為他舉行葬禮，但朱棣對惠宗未死的傳言不敢掉以輕心。惠宗年僅2歲的幼子朱文圭被廢為庶人，並囚禁於鳳陽廣安宮。惠宗的三個弟弟原本封為親王，尚未就藩，朱棣將他們降為郡王。年長的朱允熥和朱允熞先被封至福建漳州和江西建昌，旋被召回京師（南京），以“不能匡正建文帝”為由廢為庶人，並囚禁於鳳陽，只留下幼子朱允熙給朱標奉祀，而不久之後朱允熙也於永樂四年死於火災。
溥洽是惠宗主錄僧，當時傳聞他知道惠宗出逃的事，朱棣遂以其它罪名囚禁溥洽長達十餘年，直到姚廣孝病危時請求朱棣釋放溥洽，溥洽才獲釋。
明成祖即位後，不承認惠宗的正統性，下令銷燬建文朝史料，並先後三次修改明太祖實錄。成祖還下令作《奉天靖難記》，對懿文太子及惠宗多加詆譭]。
正統五年，有僧自雲南至廣西，詭稱建文皇帝。隨後被逮捕調查，乃是鈞州人楊行祥，隨後下獄而死。同行十二位僧侶，皆戍遼東。隨後，雲南、貴州、四川等地均相傳有帝為僧時往來跡。正德、萬曆、崇禎年間，諸位大臣請求續封惠宗，及加廟諡，均未成行。雖然《太宗實錄》(成祖原廟號太宗) 稱惠宗被朱棣以天子禮下葬，但崇禎帝在位時卻親口承認建文並無陵墓。崇禎十七年（1644年）五月，南明的弘光帝在南京即位，於同年七月為惠宗君臣平反，上廟號“惠宗”，諡號為“嗣天章道誠懿淵功觀文揚武克仁篤孝讓皇帝”。清朝乾隆元年，乾隆帝詔廷臣集議，追諡曰“恭閔惠皇帝”，故後世也稱惠宗為“明惠帝”。
2008年1月，福建省寧德市金涵鄉上金貝村發現的一個和尚墓被認為是惠宗的墓葬所在，這個墓穴也是迄今為止福建發現的最大的和尚墓。然而，建文帝的最終下落至今仍是不解之謎，一說建文帝藏身於湖南省永州市新田縣。