氨氮對水生生物的主要危害是遊離氨，其毒性比銨鹽高數十倍，隨著鹼度的增加而增加。氨氮的毒性與池水的ph值和水溫密切相關。一般來說，ph值和水溫越高，魚的毒性越大，對魚的危害與亞硝酸鹽相似。

氨氮對水生生物的危害可分為急性和慢性。慢性氨氮中毒的危害是：攝食量減少，生長緩慢，組織損傷，組織間氧轉運減少。魚類對水中氨氮很敏感，當氨氮含量較高時，會導致魚類死亡。急性氨氮中毒的危害是：水生生物表現為多動，水中失去平衡，驚厥，嚴重時甚至死亡。

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1.眾所周知，廢水中的N，P營養元素含量過高會造成自然水體的富營養化，導致水體內的藻類植物和部分微生物由於養分充足而大量繁殖。嚴重時會在海洋、湖泊、水庫等水體上形成“赤潮”或“水華”，使得水底長期沒有Sunny照射，溶氧降低，造成魚類大量死亡，完成水體生態系統的崩潰。

2.氨氮廢水無疑給給水排水，自來水消毒、淨化過程帶來損失和處理成本的增加。氨氮成分不僅對排水及汙水處理管道和裝置具有一定腐蝕作用，還容易引起管道內微生物滋生、大量繁殖，造成管道堵塞，產生不必要的損失和成本增加。

3.氨在硝化細菌的作用下氧化為亞硝酸鹽及硝酸鹽，亞硝酸鹽在某些條件下會水解成亞硝胺（致癌性）。人類飲用了硝酸鹽和亞硝胺超標的水會導致嬰幼兒患高鐵血紅蛋白症，增加人體的患癌風險，直接威脅人類的生命、財產安全。