首先，不管是胃鏡還是腸鏡，在做之前都要經過消毒的，而且是必須消毒乾淨的。胃鏡和腸鏡在使用前，經過清水清洗，然後放在消毒液中全面消毒，消毒完再清洗和吹乾，所有的細菌和病毒微生物等在消毒液裡是統統活不下來的。

如果曾經做過胃鏡或腸鏡，醫生會戴上一次性使用的橡膠皮手套，所以，不管是胃鏡還是腸鏡，在使用前都是經過專業消毒過的，放一百個心。

另外，胃鏡是胃鏡，腸鏡是腸鏡，但是兩者的構造是差不多的，只不過腸鏡要比胃鏡長一些。胃鏡和腸鏡也是分開消毒的。

附，有下列情況，最好作個胃鏡：

· 持續的嘔吐，尤其是嘔吐物帶血

· 腹部持續疼痛超過1個月

· 吞嚥困難或反酸，燒心

· 大便發黑有黏液呈現柏油狀

· 食慾不振，體重減輕

· 非心源性胸痛

有下列情況，最好作個腸鏡：

· 便血，帶或不帶有黏液，暗色血便或鮮紅色血便

· 伴有排便習慣的改變

· 腹部腫塊，尤其是左下或右下腹部腫塊以及排除大腸或迴腸末端疾病的腫塊。

· 有腸癌、腺瘤家族史，直系親屬均需腸鏡

· 腸息肉、腸腫瘤切除後的隨訪

正規醫院的內鏡室，都是有嚴格的規章制度流程的，為了避免交叉感染，給前一個病人做完檢查後，一定要消毒足夠的時間，達到規定的標準後，再給下一個病人用。或者是幾套消毒的器械輪流用。