一、並不是所有生物都只有兩隻眼，如有的蜘蛛8隻眼，蒼蠅用的是複眼（即由許多小的“眼睛”組成）；有的生物沒有眼，如蚯蚓；有的生物有眼，但是已經退化，如鼴鼠；有的動物有兩隻眼睛，但是有夜盲症，如雞；有的動物有兩隻眼，但有色盲症，如狗…… 而植物一般是沒眼睛的；

二、但是大多數動物，尤其是高等哺乳動物，如人，是兩隻眼，這些都是千百年的自然選擇的結果，而歸根到底也就是對基因的選擇：

1、由於基因在自然複製狀態下會存在微小的突變，這些突變是不定向的，所以理論上有可能變異出一種能表達出3只或者更多的眼睛的基因，而假設這個種群的正常個體都是兩隻眼；

2、當這種生物正常發育、成熟時，由於這種生物會和其他的2隻眼的同類一起生活，可能會由於和環境和種群的其他個體不適應（比如三隻眼睛會在求偶過程中遇到拒絕等）而受到排斥或在競爭中處於劣勢，所以這種“三隻眼”基因就無法繼續傳至下一代，所以這個種群在自然選擇後就會保留“兩隻眼”基因而淘汰三隻眼的基因。所以人類的眼睛數目上便維持在2個……

3、當然，也有特殊情況，比如，當這種生物是常年生活在地下，對光的需要不大，而當它們中的變異個體長出了眼睛（可能2個，可能更多）時，這種變異個體很可能就不能適應地下的生活（如眼睛在其在土壤中穿梭時成為累贅），最終死去，而沒有眼睛的個體就能更好的存活下來，所以這種群最終在自然選擇下將失去表達“眼睛”的基因……

總結，眼睛的數量是進化的結果，同自然選擇有關，環境與基因將決定它的數量！