藥監局職責：
(一)制定藥品、醫療器械、化妝品和消費環節食品安全監督管理的政策、規劃並監督實施，參與起草相關法律法規和部門規章草案。
(二)負責消費環節食品衛生許可和食品安全監督管理。
(三)制定消費環節食品安全管理規範並監督實施，開展消費環節食品安全狀況調查和監測工作，釋出與消費環節食品安全監管有關的資訊。
(四)負責化妝品衛生許可、衛生監督管理和有關化妝品的審批工作。
(五)負責藥品、醫療器械行政監督和技術監督，負責制定藥品和醫療器械研製、生產、流通、使用方面的質量管理規範並監督實施。
(六)負責藥品、醫療器械註冊和監督管理，擬訂國家藥品、醫療器械標準並監督實施，組織開展藥品不良反應和醫療器械不良事件監測，負責藥品、醫療器械再評價和淘汰，參與制定國家基本藥物目錄，配合有關部門實施國家基本藥物制度，組織實施處方藥和非處方藥分類管理制度。
(七)負責制定中藥、民族藥監督管理規範並組織實施，擬訂中藥、民族藥質量標準，組織制定中藥材生產質量管理規範、中藥飲片炮製規範並監督實施，組織實施中藥品種保護制度。
(八)監督管理藥品、醫療器械質量安全，監督管理放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品及精神藥品，釋出藥品、醫療器械質量安全資訊。
(九)組織查處消費環節食品安全和藥品、醫療器械、化妝品等的研製、生產、流通、使用方面的違法行為。
(十)指導地方食品藥品有關方面的監督管理、應急、稽查和資訊化建設工作。
(十一)擬訂並完善執業藥師資格准入制度，指導監督執業藥師註冊工作。
(十二)開展與食品藥品監督管理有關的國際交流與合作。
(十三)承辦國務院及衛生部交辦的其他事項。
藥監局職責：
(一)制定藥品、醫療器械、化妝品和消費環節食品安全監督管理的政策、規劃並監督實施，參與起草相關法律法規和部門規章草案。
(二)負責消費環節食品衛生許可和食品安全監督管理。
(三)制定消費環節食品安全管理規範並監督實施，開展消費環節食品安全狀況調查和監測工作，釋出與消費環節食品安全監管有關的資訊。
(四)負責化妝品衛生許可、衛生監督管理和有關化妝品的審批工作。
(五)負責藥品、醫療器械行政監督和技術監督，負責制定藥品和醫療器械研製、生產、流通、使用方面的質量管理規範並監督實施。
(六)負責藥品、醫療器械註冊和監督管理，擬訂國家藥品、醫療器械標準並監督實施，組織開展藥品不良反應和醫療器械不良事件監測，負責藥品、醫療器械再評價和淘汰，參與制定國家基本藥物目錄，配合有關部門實施國家基本藥物制度，組織實施處方藥和非處方藥分類管理制度。
(七)負責制定中藥、民族藥監督管理規範並組織實施，擬訂中藥、民族藥質量標準，組織制定中藥材生產質量管理規範、中藥飲片炮製規範並監督實施，組織實施中藥品種保護制度。
(八)監督管理藥品、醫療器械質量安全，監督管理放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品及精神藥品，釋出藥品、醫療器械質量安全資訊。
(九)組織查處消費環節食品安全和藥品、醫療器械、化妝品等的研製、生產、流通、使用方面的違法行為。
(十)指導地方食品藥品有關方面的監督管理、應急、稽查和資訊化建設工作。
(十一)擬訂並完善執業藥師資格准入制度，指導監督執業藥師註冊工作。
(十二)開展與食品藥品監督管理有關的國際交流與合作。
(十三)承辦國務院及衛生部交辦的其他事項。