第1話 雲霄飛車殺人事件
第135話 黑暗組織十億元搶劫事件
第136-139話 黑暗組織來的女子 大學教授殺人事件（一~四）
第190-192話 與黑暗組織再次重逢（灰原篇、柯南篇、解決篇）
第334-336話 接觸黑暗組織（交涉篇、追擊篇、決死篇）
第365-366話 隱藏在廁所的秘密（關於宮野父母）
第371-375話 與黑暗組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件（一~五）
第459-463話 黑色衝擊！組織之手逼近的瞬間（五）
第502-505 黑暗組織之影（水無憐奈）
第527-528話 黑色照片的下落（本堂）
第538-551話 紅與黑的碰撞（赤井秀一）
第629話 引發危機的紅色前兆
第630話 黑色13的暗示
第631話 步步逼近的黑色期限
第632話 搖曳的紅色目標
第723-726話 偵探們的夜想曲
第751-752話 逼近灰原秘密的黑影
第753-756話 漆黑的神秘列車
第786-787話 茱蒂的回憶與賞花的陷阱
第832話 緋色的序章
第833話 緋色的追求
第834話 緋色的交錯
第835話 緋色的歸還
第836話 緋色的真相
第868話 悄悄靠近安室的黑影
第891-892話 關係不好的女子樂隊
第916-917話 與17年前一樣的案發現場
第918-919話 靈魂偵探被殺事件
第1話 雲霄飛車殺人事件
第135話 黑暗組織十億元搶劫事件
第136-139話 黑暗組織來的女子 大學教授殺人事件（一~四）
第190-192話 與黑暗組織再次重逢（灰原篇、柯南篇、解決篇）
第334-336話 接觸黑暗組織（交涉篇、追擊篇、決死篇）
第365-366話 隱藏在廁所的秘密（關於宮野父母）
第371-375話 與黑暗組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件（一~五）
第459-463話 黑色衝擊！組織之手逼近的瞬間（五）
第502-505 黑暗組織之影（水無憐奈）
第527-528話 黑色照片的下落（本堂）
第538-551話 紅與黑的碰撞（赤井秀一）
第629話 引發危機的紅色前兆
第630話 黑色13的暗示
第631話 步步逼近的黑色期限
第632話 搖曳的紅色目標
第723-726話 偵探們的夜想曲
第751-752話 逼近灰原秘密的黑影
第753-756話 漆黑的神秘列車
第786-787話 茱蒂的回憶與賞花的陷阱
第832話 緋色的序章
第833話 緋色的追求
第834話 緋色的交錯
第835話 緋色的歸還
第836話 緋色的真相
第868話 悄悄靠近安室的黑影
第891-892話 關係不好的女子樂隊
第916-917話 與17年前一樣的案發現場
第918-919話 靈魂偵探被殺事件