銅綠假單胞菌汙染原因主要是在於水源水的汙染和加工過程的汙染。一方面水源安全是控制包裝飲用水安全的重要環節，飲用水加工企業要充分保證獲取的水源安全、衛生。另一方面，著重防止飲用水在生產加工中受到微生物汙染，其中，要對飲用水和包裝材料進行徹底消毒、殺菌。 　　

據我瞭解，銅綠假單胞菌是反映飲用水衛生條件的主要指標，其“生命力”較為頑強，對消毒劑、乾燥、低壓紫外線等理化因素具有很強的抵抗力。不過，在飲用水在生產加工中，採用中壓紫外線消毒技術，透過專業的飲用水紫外線消毒器可以將銅綠假單胞菌滅殺，並且能夠將水中的其它微生物一同滅活，從而更好地保障飲用水質量安全。 　

此外，由於包裝飲用水需要進行預包裝處理，這就需要直接接觸包裝材料，如瓶、桶、罐、袋等等。包裝材料是否安全、衛生也直接關係飲用水品質。 　　

通常來說，飲用水包裝材料使用之前需要進行徹底清洗處理，例如飲用水瓶一般透過洗瓶機，採用高壓反衝噴洗，瓶壁的雜物能及時脫離掉入水箱中，達到徹底清洗瓶子的目的。 　　

不僅如此，飲用水包裝之後還要藉助125℃超高溫瞬時殺菌技術，可以瞬時殺菌，殺菌速度快，效率高，能夠滅殺所有微生物(包括繁殖體、芽孢等)，不產生任何消毒副產物，同時對原水水質不會產生任何影響，保留部分人體所需的礦物質和微量元素。如若再將超高溫瞬時殺菌技術和飲用水無菌包材結合起來，可有效地控制產品的微生物總量，避免菌落超標。