在借款時，本金抵扣了一部分利息，即如果實際借款到你手中沒有5萬，而是扣除一部分利息後給你的錢，這種做法在民間被稱為“砍頭息”，這是一種違法行為。根據你提出的問題表述，本金五萬元的借款利息雖然沒有預先扣除，而是算在本金內，實際上還是在本金中扣除了利息，發放到你手中的借款本金其實沒有五萬元了，因此，這種做法仍然是一種類似於砍頭息的違法行為。

該條規定，法院在實務審判中如何適用，我根據判例精簡了一個案例，供題主和各位劇友查閱，以便更好地理解合同法第二百條的規定。

某地法院審理的案件，案件是李某向羅某借款22萬元，李某向羅某出具借條，上面載明22萬元，借款期限為10天。借款期限過後，李某沒有還款，於是羅某向法院起訴要求李某償還借款22萬元。李某在庭審時辯稱其實際只借到款項21萬元，其中1萬元的本金從借款中已經預先扣除，羅某對李某所答辯的事實沒有反駁，予以認可。隨後，法院審理該案時，直接適用了合同法第二百條的規定，即本案中，羅某和李某的借條中記載22萬元借款，但是由於事先已經扣除1萬元利息，李某實際到手只有21萬元，所以，李某向羅某的借款應認定為21萬元，法院於是就作出了上述判決。

總之，借款時將利息算在本金裡實際上是變相的砍頭息，違反法律規定，你可以向債權人主張返還實際到手的款項，債權人不同意的，你可以在債權人起訴時向法院主張這一請求。