一、生長環境不同

1、青苔

生長在溼地、牆上、井中、屋瓦及水中等處。

2、綠藻

綠藻多見於淡水，常附著於沉水的岩石和木頭，或漂浮在死水錶面，也有生活於土壤或海水中的種類。

二、形態特徵不同

1、青苔

青苔色澤翠綠，莖細如絲。

2、綠藻

綠藻的體型多種多樣，有單細胞、群體、絲狀體或葉狀體。

三、應用和價值不同

1、青苔

青苔植物精緻、細密、充滿生機，在園林上的應用形式也豐富多樣，並且可以和不同的場景、不同的素材、不同的地形相搭配，產生截然不同的效果。主要應用於公園綠化、屋頂綠化、垂直綠化和家庭園藝中，營造出優雅別緻的植物景觀。

青苔有一定的危害性。青苔與水草、其它藻類爭奪養分，過度消耗水體營養，破壞池塘正常的物質代謝，使養殖水體清瘦。使水草生長受抑制，浮游生物生週期性生長被破壞導致水體藻相失衡，所有這些都會影響小龍蝦、蟹、魚的正常生長。

2、綠藻

綠藻門的經濟價值很高。貯藏的營養物質主要為澱粉和油類。綠藻中如石蓴、礁膜、滸苔等歷來是沿海人民廣為採撈的食用海藻。海產扁藻、小球藻等單細胞綠藻繁生快，產量高，含有一定量的蛋白質、糖類、氨基酸和多種維生素，可作食品、飼料或提取蛋白質、脂肪、葉綠素和核黃素等多種產品。有的綠藻可作為藥用，如小球藻、孔石蓴等。此外，利作藻菌共生系統和活性藻的方法來處理生活汙水和工業汙水