在稻蝦養殖模式中，稻田裡使用的肥料是以基肥和發酵完善的農家肥為主，，這樣可以促進水稻的正常生長，又可以起到肥水的作用，達到肥力持久長效的目的。

在插秧前每畝投放有機肥300公斤，尿素20公斤，過磷酸鈣20-25公斤，硫酸鉀5公斤。投放蝦苗以後不建議追肥，以免降低水中氧氣含量，影響小龍蝦的正常生長。如果發現脫肥，追肥用經過發酵的有機肥效果更好，施肥量為每畝15--20公斤。追肥時禁止使用對小龍蝦有害的化肥（如氨水、碳酸氫胺等）。

稻田使用化肥時，要講究施肥的方法。需要先使稻田的水位降低，讓小龍蝦集中到環溝、田間溝，然後再施肥。使肥料迅速沉積在淤泥中，隨後加深水位到正常深度；也可採取少量多次，分片撒肥或根外施肥的方法。

無機肥（化肥）是速效產品，肥水快，但肥效時間較短；有機肥肥水雖慢，但肥效時間長。二者混合使用可達到快速又穩定的肥水效果。

無機肥使用時要根據天氣情況來決定。氣溫高，天氣晴朗時間長時可以適當增加施肥數量，反之多次少量施肥。不建議在陰雨天施肥，這樣容易使大量的肥料沉入淤泥中，造成底質變差。

需要考慮稻田中已有營養成份及所施基肥營養結構和數量，淤泥多時少施基肥，淤泥少或新塘要適當多施基肥。

投放蝦苗後追肥宜採用少量多次，儘量不使用尿素等氮肥，否則容易使水中氮氟含量增高。