捻軍與太平軍最大區別就是流動作戰，沒有根據地、所以捻軍失利滅亡最重要原因就是流寇，捻軍領導者政治目光短淺，未能形成集中統一的領導和指揮，軍事上實行流寇主義，忽視建立鞏固的根據地，後期又將軍力分為兩支，無確定的指導方針，致被清軍各個擊破，全軍覆沒。

捻軍與太平軍均為農民起義部隊，中國歷史上有許多次農民起義，大多數最終失敗，即使取勝的也是曇花一現。捻軍失敗主要原因沒有先進理論為指導；其次沒有形成集中統一領導，在後期逐步分散，被清軍各個擊破；最後一點農民起義部隊沒有接受正規軍事訓練，軍事鬥爭經驗缺乏，軍中不免有紀律鬆散現象。

捻軍主要在1853年活躍在北皖、蘇、魯、豫四省的農民武裝起義。首領主要是張樂行，1857年接受太 平軍的領導，全勝時期總兵力達到20多萬，太平軍被滅亡之後，清軍開始全力對 付捻軍，捻軍分為東捻和西捻。最後東捻被李鴻章所滅，西捻被左宗棠所滅。至 此1868年捻軍全部失敗。

捻軍失敗主要有以下幾個原因。

第一、捻軍領導者政治目光短淺

第二、未能形成集中統一的領導和指揮

第三、軍事上實行流寇主義，忽視建立鞏固的根據地

第四、後期又將軍力分為兩支，作戰指導盲動，致被清軍各個擊破，全軍覆沒。

捻軍這種玩意兒，按其玩法是一定會失敗的，分兵不分兵對其成敗的影響微乎其微。

捻軍本來是太平天國興起後兩淮村鎮軍事化的產物，村鎮軍事化後形成了地方豪族，地方豪族在滿清和太平天國之間依違，捻軍就是親太平天國的地方豪族。後來隨著太平天國的滅亡，滿清掉過頭來對付他們，他們遂改變了以前據村自守的辦法，改為從民間掠奪大批馬匹，在河南、山東、江蘇、安徽、湖北五省流竄逃避清軍討伐，偶爾也會在遇到有利戰機時幹清軍一票，僧格林沁就是這樣被幹死的。

但是當曾國藩主剿後，設計的各省組建大包圍圈的戰略實際上命中的捻軍的命門，為了打亂其部署，捻軍只好分頭行動，苟延殘喘，而曾國藩的計劃也因為各省的推諉和效率低下最終失敗，等到李鴻章出面主剿，各省盡力配合後，很快就把捻軍滅了。

捻軍的流寇做派不論如何是一定會被滅掉的，撲騰了那麼久已經可以說是奇蹟了。