靈芝菌種低溫斜面保藏法
即冰箱試管法，它是根據低溫能抑制菌絲生長的原理，將斜面菌種存放在4~6℃冰箱中，需要時將其移接至新鮮斜面上，經培養後再放入冰箱中，這種週而復始的儲存方法，屬於繼代保藏法範疇。
採用糯米粉糖瓊脂培養基或馬鈴薯綜合培養基，為防止產酸，糖應少加或不加，而需新增碳酸鈣等緩衝劑。同時，每升培養基中還需加10毫克維生素B1，瓊脂用量增加至2.5%。棉塞深入管內3釐米左右，要求緊實，滅菌後製成半高層斜面。
斜面置30℃左右下培養2~3天作空白試驗，確認無菌後，接入靈芝菌種1小塊，放入25℃左右稍低的溫度下培養，使菌絲生長健壯豐滿，菌絲長滿斜面，包紮後放入4~6℃冰箱中保藏，並做好菌名、培養基、日期、存放方位等記錄，以後每3~4個月轉管1次。
保藏過程中，冰箱相對溼度保持在40%~50%，做到儘量少啟用冰箱，以免產生冷凝水而引起汙染，必須啟用時應做到邊開、邊取、邊關，力爭短暫、快速。
靈芝菌種隔絕空氣保藏法
常採用礦油、橡皮塞密封斜面，減少水分蒸發，防止培養基幹涸，避免菌絲死亡，同時在隔絕空氣和缺氧下，降低了菌絲代謝，抑制其生長繁殖，達到保藏目的。
選用化學純液體石蠟100毫升，裝入250毫升錐形瓶或鹽水瓶內，加棉塞，0.103兆帕滅菌30~60分鐘，然後放入160℃烘箱內烘1~2小時或40℃溫箱中3天，見瓶內液體石蠟澄清透明、液層無白色膜狀物，即無水分即可。然後在無菌條件下將液體石蠟傾注入試管斜面菌種上，並高出斜面頂端1釐米左右。最後直立放在潔淨的室溫下保藏。
轉管時直接用接種刀切取1小塊菌苔，移至新鮮斜面中央，28℃下培養，多餘的菌種仍在原液體石蠟中保藏。因經保藏的菌絲中有石蠟，生長較慢而弱，需再繼代轉接1次方可使用。
靈芝菌種低溫斜面保藏法
即冰箱試管法，它是根據低溫能抑制菌絲生長的原理，將斜面菌種存放在4~6℃冰箱中，需要時將其移接至新鮮斜面上，經培養後再放入冰箱中，這種週而復始的儲存方法，屬於繼代保藏法範疇。
採用糯米粉糖瓊脂培養基或馬鈴薯綜合培養基，為防止產酸，糖應少加或不加，而需新增碳酸鈣等緩衝劑。同時，每升培養基中還需加10毫克維生素B1，瓊脂用量增加至2.5%。棉塞深入管內3釐米左右，要求緊實，滅菌後製成半高層斜面。
斜面置30℃左右下培養2~3天作空白試驗，確認無菌後，接入靈芝菌種1小塊，放入25℃左右稍低的溫度下培養，使菌絲生長健壯豐滿，菌絲長滿斜面，包紮後放入4~6℃冰箱中保藏，並做好菌名、培養基、日期、存放方位等記錄，以後每3~4個月轉管1次。
保藏過程中，冰箱相對溼度保持在40%~50%，做到儘量少啟用冰箱，以免產生冷凝水而引起汙染，必須啟用時應做到邊開、邊取、邊關，力爭短暫、快速。
靈芝菌種隔絕空氣保藏法
常採用礦油、橡皮塞密封斜面，減少水分蒸發，防止培養基幹涸，避免菌絲死亡，同時在隔絕空氣和缺氧下，降低了菌絲代謝，抑制其生長繁殖，達到保藏目的。
選用化學純液體石蠟100毫升，裝入250毫升錐形瓶或鹽水瓶內，加棉塞，0.103兆帕滅菌30~60分鐘，然後放入160℃烘箱內烘1~2小時或40℃溫箱中3天，見瓶內液體石蠟澄清透明、液層無白色膜狀物，即無水分即可。然後在無菌條件下將液體石蠟傾注入試管斜面菌種上，並高出斜面頂端1釐米左右。最後直立放在潔淨的室溫下保藏。
轉管時直接用接種刀切取1小塊菌苔，移至新鮮斜面中央，28℃下培養，多餘的菌種仍在原液體石蠟中保藏。因經保藏的菌絲中有石蠟，生長較慢而弱，需再繼代轉接1次方可使用。