火龍果具有自交結實性，但自花授粉坐果率較低，火龍果花多為夜間開放，其雄蕊與花柱等長或較短，家庭種植則昆蟲數量少，蟲媒傳粉的成功率也較低，因此，需進行人工輔助授粉。大量種植若遇陰雨天氣，也要進行人工授粉。

人工輔助授粉的操作如下：

1．花粉的採集：火龍果屬雌雄同花，需保留95%以上的花，才能保證產量。因此，不能把花摘下來，也不能扔搖振樹體的方法來採集花粉，而應在傍晚花開後或清晨花凋謝前，用消毒過的毛筆或毛刷將火龍果不同品種（以多品種的混合花粉較好）的花葯和落在花瓣上的花粉輕輕刷至消毒過的表面皿中，隨採隨用，以免失去活力，影響授粉效果。若有特殊原因確需備用的，必須裝入玻璃瓶內，瓶塞加蠟封，放在冰箱0~5℃的條件下儲存。白肉型火龍果始花的時間要比紅肉型晚一個月，有條件的可以在花粉多時將花粉收集起來貯藏備用。

2．授粉方法：主要是人工點授，即將採集好的花粉充分混合均勻，用毛筆蘸花粉點授柱頭，使花粉均勻塗抹在柱心處。

3.白肉火龍果授粉受精成功率較紅肉火龍果高，如果紅肉火龍果授粉不成功，其子房出現變黃，花朵會在一週左右脫落。如果授粉受精成功，一般在4—5天子房會開始膨大。到30天后，果皮由翠綠色轉為玫瑰紅色。由於目前溼度大，人工授粉後較容易因大雨而失敗。因此在對紅肉火龍果進行人工授粉後，注意用舊報紙製成的套袋防雨水沖刷。